او بعد از تکمیل وصیت‌نامه راهی مقرّ نیروهای مردمی شد. آن قدر عجله داشت که سجاده‌اش در اتاقش همین طور باز ماند!

بعد هم با دوستانش عازم سامرا گردید. آن‌ها در عملیات پاکسازی مناطق اطراف سامرا و دیگر مناطق حضور فعال داشتند. نیروهای مردمی در چند عملیات قبلی با کمک مشاوران ایرانی توانسته بودند مناطق مهمی نظیر جرف الصخر را از دست داعش پاکسازی کنند. هادی به همراه دیگر مدافعان حرم، حدود بیست کیلومتر جلوتر از حرمین عسکریین در سنگرها حضور داشتند. آن‌ها بیشتر شب‌ها را به حرم می‌آمدند و آنجا می‌خوابیدند. هادی هم که موقعیت خوبی پیدا کرده بود، از فضای معنوی حرمین سامرا به خوبی استفاده می‌کرد.

روز ۲۶ بهمن بود. چند روز بعد از سالگرد شهادت شهید ابراهیم هادی، همان شهیدی که الگوی زندگی هادی شده بود و درست یک هفته بعد از اینکه وصیت نامه اش را نوشته بود و گفته بود که : "دنیا رنگ گناه دارد؛ دیگر نمی‌توانم زنده بمانم" در حومه ی سامرا، ناگهان صدای انفجار مهیبی آمد. عملیات انتحاری در بین سربازان عراقی و هادی به آرزویش رسید...

شهادت چه زیبا او را برگزید. عجیب است که او عاشق و دلداده امام هادی (ع) شد و در این راه و در شهر امام هادی (ع) یعنی سامراء به شهادت رسید. وهادی فدای امام هادی (ع) شد.

هادی وصیت کرده بود پیکرش را در سامرا، کاظمین، کربلا و نجف طواف دهند. این وصیت بعید بود اجرا شود؛ چرا که عراقی‌ها شهدای خود را فقط به یکی از حرمین می‌برند و بعد دفن می‌کنند. اما در مورد هادی باز هم شرایط تغییر کرد. ابتدا پیکر او را به سامرا و بعد به کاظمین بردند. سپس در کربلا و بین الحرمین پیکر او تشییع شد. بعد هم به نجف بردند و مراسم اصلی برگزار شد. در تمام حرم ها نیز برایش نماز خواندند!

قطعه شهدای عراق در نجف، از حرم حضرت امیر(ع) فاصله بسیاری دارد اما مزار هادی به حرم حضرت علی(ع) بسیار نزدیک است. این قبر متعلق به یکی از دوستان هادی بود که او هم قبر را برای مادرش در نظر داشت، اما هادی قبل از اعزام با او صحبت کرد. او هم مادرش را راضی نمود تا مزار را برای هادی قرار دهد. یکی از دوستانش می‌گفت: هادی در این روزهای آخر، بیشتر شبها و سحرها را بر سر مزاری که برای خودش در نظر گرفته بود حاضر می‌شد و دعا و نماز می‌خواند.

محل شهادت محمدهادی ذوالفقاری