با وقوع انقلاب مهدی باکری نقش فعالی در سازماندهی بخشی از نیروهای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی داشت. وی برای مدتی نیز شهردار ارومیه بود و دوره کوتاهی نیز دادستان دادگاه انقلاب ارومیه بود. او همزمان با فعالیت در سپاه، مسئولیت شهرداری ارومیه را نیز بر عهده داشت. باکری اندکی پس از آغاز جنگ ایران و عراق ازدواج کرد و یک روز پس از ازدواج نیز عازم جبهه‌های جنوب شد

مهدی باکری در مدت کوتاهی مدارج ترقی را در سپاه پاسداران طی کرد. در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف حضور داشت، که در همان عملیات از ناحیه چشم مجروح شد. پس از بهبود به جبهه بازگشت و در عملیات‌هایی چون عملیات بیت‌المقدس، رمضان، مسلم بن عقیل، والفجر مقدماتی، والفجر ۱ تا ۴ و عملیات خیبر در سمت‌های مختلف فرماندهی شرکت کرد. در مجموعه عملیات‌های والفجر با عنوان فرمانده لشکر عاشورا فعالیت می‌کرد.[۴] در خلال انجام عملیات خیبر، به مهدی باکری خبر داده شد، که برادرش حمید باکری در صحنه نبرد کشته شده‌است و می‌خواهند برای بازگرداندن پیکر او گروهی را اعزام نمایند، اما وی ممانعت می‌کند و از پشت بی‌سیم این جمله را به زبان می‌آورد: «همهٔ آن‌ها برادرای من هستند اگر تونستید همه را برگردونید حمید را هم بیاورید.»

در حین انجام عملیات بدر و در حالیکه نیروهای عراقی با محاصره کامل لشکر سربازان تحت امر مهدی باکری در جزیره مجنون در حال زدن تیر خلاص به سربازان مجروح باقی‌مانده بودند، احمد کاظمی و محمود دولتی با بیسیم از وی می‌خواهند که با عبور از دجله و پیمودن فاصله ۷۰۰ متر و رسیدن به فضای میان خط اول و خط دوم حمله، جان خود را نجات دهد، ولی این درخواست‌ها، با پاسخ منفی باکری همراه بود تا آنکه بر اثر اصابت تیر مستقیم نیروهای عراقی، کشته شد.[۵] سپس گروهی برای بازگرداندن پیکر باکری اقدام کردند، اما هنگام انتقال پیکر وی، قایق آنها هدف اصابت شلیک مستقیم آر پی جی نیروهای عراقی قرار گرفت و در اروندرود غرق گردید. پیکر وی و سایر سربازانش، هیچ‌گاه یافت نشد.[۶]

اینم از درخواست دوست بزرگوارمون✋ بخشی‌اززندگینامه‌شهیدباکری‌رحمت‌الله

﷽ ━━━━💠🌸💠━━━━ خـاک هـم گـاه گداری بـدهـد طعم عسـل بوسه از خاک رهت کرده عوض کام مرا ━━━━💠🌸💠━━━━ #قاسم_نعمتی #امام_زمان

ماه دوازدهم آمد ولے... ماھِ دوازدهم دلهای ما نیامد💔 اللهم عجل ولیڪ الفرج🕊

سلام علیکم ممنونم لطف و محبت شما پایان ناپذیر✋

ادمین عزیزو زحمت کش ما بنده هم ممنونم ازتون✋💚

وظیفس🌿🙏🏻 ان شاء الله به مناسبت مبعث پیامبر و سالروز چشم به جهان گشودن ادمین جانتون 😍😅 یه رمان دیگه میذارم

📢حجت الاسلام مجتهدی تهرانی ره: 📃تا امام زمان تشریف نیارن صبح نیست #امام_زمان

یامهدی تو بیا غم رخت سفر میبندد❤️💔