این پرونده از اواخر دی‌ماه 1377، بالاخره به سازمان قضایی نیروهای مسلح که ریاست آن را محمد نیازی بر عهده داشت، واگذار شد. او نیز در اولین گفتگوی خود خبر داد که در این پرونده تنها به چهار فقره قتلِ مربوط به داریوش فروهر و همسرش، محمدمختاری و محمدجعفرپوینده رسیدگی خواهد شد. محمد نیازی، دادستان نظامی تهران که چند روز بعد به ریاست سازمان قضایی نیروهای مسلح برگزیده شد، در همان گفتگوی مطبوعاتی خود تأکید کرد: تاکنون هیچ یک از متهمان ادعا نکرده‌اند که برای ارتکاب این قتل‌ها مجوز و حکم شرعی داشته‌اند و در این زمینه هیچ حکم شرعی و قضایی صادر نشده‌است، چرا که در حکومت اسلامی که اسلام حاکمیت دارد و ولی فقیه مبسوط الید است، هیچکس نمی‌تواند حکمی خارج از سیستم قضایی و شرع و قانون صادر کند.» نیازی در خصوص اهداف متهمان از ارتکاب این جنایات نیزگفت: «متهمان این پرونده ادعاهایی در مورد مقتولان پرونده دارند که مورد قبول این دادسرا نیست و متهمان طبعاً از خودشان دفاع خواهند کرد.» 🆔 @AndishkadehFCT

علی ربیعی مدعی است که کمیته تحقیق خاتمی، پس از کشفِ عاملان حادثه، کار خود را متوقف کرد، لیکن این خبر به‌صورت رسمی اعلام نشد. در شهریور 79، علی ربیعی، از اعضای کمیته تحقیق گفت: «در همان زمان جناب آقای نیازی با بنده صحبت کردند و ایشان فرمودند که اگر کمیته اعلام انحلال نماید، ما را با مشکل مواجه می‌کند. مردم تصور می‌کنند که رئیس جمهور پشت این پرونده نیست و با این جوی که در جامعه است، کار ما با مشکل مواجه می‌شود، شما این را اعلام نکنید. من نظر آقای نیازی را خدمت آقای رئیس جمهوری عرض کردم و در واقع آقای رئیس جمهوری هم متقاعد شدند که انحلال کمیته اعلام نشود» اما شواهد، مانند انتخاب بازجویان سعید امامی و همسرش از سوی سعید حجاریان، نشان می‌دهد که این کمیته تا مدت نامعلومی به کارش ادامه می‌داده است. روح الله حسینیان درباره سرنوشت کمیته تحقیق خاتمی می‌گوید: «بعد از یک سال از رسیدگی به این پرونده خود آقای خاتمی به این نتیجه رسید که آن گروه، جریان رسیدگی را منحرف کردند و گروه جدیدی را انتخاب کردند که اگر چه از نیروهای چپ وزارت اطلاعات بودند، اما متدین بودند؛ گروه جدید دستور آزادی افراد بیگناه را صادر کرد و کیفرخواست جدیدی را ارائه داد و دادگاه هم حکم را در مورد موسوی و همکارانش اعمال کرد. پس از کشف این موضوع که گروه بازجویی اول انحرافی عمل کرده است یونسی وزیر اطلاعات وقت در جلسه‌ای از طرف آقای خاتمی پیام آورد که این مساله در هیأت دولت مطرح شده است، اما ما جواب حسینیان را چه بدهیم و خاتمی خواهش کرده بود که من دیگر موضوع را پیگیری نکنم تا به آن رسیدگی شود. من هم در پاسخ به خاتمی پیغام فرستادم که ما هم به دنبال بحران نبودیم اما دوستان شما کاری کردند که انحراف پیش آمد و بدانید که من ساکت می‌شوم، اما شما نمی‌توانید دوستان خود را ساکت کنید.» 🆔 @AndishkadehFCT

حسینیان می‌گوید که قبل از شروع قتل‌ها به‌دست مصطفی موسوی، وی طی ملاقاتی با سیدمحمد خاتمی، رئیس‌جمهور وقت، از قتل‌های قریب‌الوقوعی خبر داد و آن را سناریویی برای سقوط دولت خاتمی دانست؛ اما پس از چندی که ماجرای قتل‌ها به اوج رسید، موسوی دوباره به دفتر خاتمی رفت و اعتراف کرد که قتل‌ها را خود او انجام داده است: «در این ماجرا، مدتی قبل از این‌که این قتل‌ها شروع بشود، آقای موسوی خدمت آقای خاتمی می‌رسد، ناگفته نماند که برای معاونت امنیت هم از طرف ریاست جمهوری، آقای موسوی پیشنهاد شده بود به آقای دُرّی که ایشان به عنوان معاون امنیت نصب شود، اما به ادله‌ مختلف پذیرفته نشد؛ اما به عنوان جانشین معاون امنیت منصوب شد. قبل از این‌که این قتل‌ها به وقوع بپیوندد، ایشان خدمت رئیس‌جمهوری می‌رسد و مطلبی را اعلام می‌کند و می‌گوید که در وزارت اطلاعات سناریویی در حال تدوین است و می‌خواهند عده‌ای را به قتل برسانند تا باعث سقوط دولت شما بشود. هنوز از قتل‌ها خبری هم نبود و حتی با یکی از مشاورین ریاست جمهوری هم تماس تلفنی گرفته و این جریان را گفته که خوشبختانه نوارش موجود است و ضبط شده این مکالمه. بعد از مدتی قتل‌ها شروع شد. 🆔 @AndishkadehFCT

در قتل‌ها وقتی که فروهر و خانمش کشته شدند، رئیس‌جمهور موضع‌گیری کرد، مسئولان دیگری موضع‌گیری کردند، خصوصاً ریاست جمهوری موضع تندی گرفت و هیأت هم از آن زمان شروع به کار کرد. بلافاصله بعدش قتل‌های دیگری هم به وقوع پیوست، که از همان اول این ماجرا را مشکوک می‌کرد، که چرا واقعاً چنین اتفاقی دارد پشت سر هم به وجود می‌آید. بعد از اینکه ماجرای قتل‌ها به اوج خود رسید، خود آقای موسوی رفت به دفتر رئیس‌جمهوری و گفت که این قتل‌ها توسط من انجام شده و کشفی هم اصلاً در کار نبود. خود ایشان رفتند و گفتند. حتی دو سه روز ایشان را تحویل نمی‌گرفتند و می‌گفتند دروغ است، مگر می‌شود آقای موسویِ دوم خردادیِ طرفدار جبهه‌ دوم خرداد، چنین کاری را مرتکب شده باشد؟ نمی‌پذیرفتند و می‌گفتند باز این یک سناریو است، تا بالاخره آنقدر اصرار کرد که پذیرفتند. حسینیان می‌گوید که 👈 مصطفی کاظمی (موسوی)، در اعترافاتش برنامه‌ریزی، دستور و مدیریت پروژه‌ قتل‌ها را می‌پذیرد: آقای موسوی همه‌ جریان را پذیرفته، خودش دستور داده. برنامه ریخته و شخصاً مدیریت پروژه‌ قتل‌ها را هم پذیرفته است. 🆔 @AndishkadehFCT

سوابق مصطفی کاظمی : روح الله حسینیان اضافه می‌کند: موسوی بچه استان فارس است. از همان زمانی که اطلاعات در سپاه تشکیل شد، در اطلاعات سپاه بود و از همان زمان متهم بود که با دستگاه آقای منتظری، سید‌هادی و مهدی‌هاشمی در ارتباط است. بعد از اینکه وزارت اطلاعات تشکیل شد و اداره‌ کل اطلاعات هم در استان فارس تشکیل شد، وی به عنوان مسئول اداره‌ کل اطلاعات فارس انتخاب شد، که درگیری درونی از همانجا در استان فارس هم شروع شد. موسوی معروف بود در همان زمان از بچه‌های چپ استان فارس هست و به اصطلاح جزو بچه‌های مسجد «آتشی‌ها» بود. درگیری بین وی و امام‌جمعه‌ شیراز به اوج خود رسید که ناچار شدند موسوی را از شیراز به تهران منتقل کنند و در وزارت هم که بود معروف بود به چپگرایی. در جریان انتخابات بشدت از جناب آقای خاتمی حمایت می‌کرد و این حمایت هم به قدری افراطی شده بود که حتی طرفداران خود آقای خاتمی هم ناراحت می‌شدند. بعدها مشخص شد که مصطفی کاظمی از دوستان نزدیک منتجب‌نیا نماینده شیراز در مجلس سوم و مشاور سید محمد خاتمی بوده است و از این طریق با خاتمی ارتباط داشته است. کاظمی در اعترافاتش گفته بود که منتجب‌نیا در جریان قتلها قرار داشته است. حجت‌الاسلام دری‌نجف‌آبادی، وزیر اسبق اطلاعات، از روابط نزدیک سیدمحمد خاتمی با مصطفی موسوی بدینگونه پرده برمی‌دارد: در یک جلسه‌ای که مسئولان وزارت با آقای خاتمی داشتند، آقای موسوی را به ایشان معرفی کردم. آقای خاتمی سریع گفتند: من ایشان را می‌شناسم و از دوستان ماست و ایشان نیاز به معرفی ندارد!! 🆔 @AndishkadehFCT

انگیزه‌ قتل‌های زنجیره‌ای : حسینیان معتقد است که کودتا علیه مقام معظم رهبری، هدف و انگیزه‌ انجام قتل‌های زنجیره‌ای بوده‌است. حجت‌الاسلام حسینیان از زبان مصطفی کاظمی نقل می‌کند که: تحلیل ما از اوضاع جاری روز این بود که آقای خامنه‌ای غیر‌از امام است و آقای خاتمی هم به دلیل این‌که بیست میلیون رأی آورده و بیست میلیون پشتیبان دارد، قدرتش بیش از بنی‌صدر است و ما این قتل‌ها را مرتکب می‌شویم و به گردن آقای خامنه‌ای می‌اندازیم. همین سخن را حسینیان دو هفته پس از دستگیری موسوی، زمانی که به دفتر رئیس‌جمهوری (خاتمی) می‌رود، ناباورانه از زبان محمدعلی ابطحی، رئیس وقت دفتر خاتمی، نیز می‌شنود: «درست پانزده یا شانزده روز بعد از دستگیری آقای موسوی، بنده برای اتمام‌حجت رفتم دفتر آقای خاتمی که با ایشان ملاقات کنم، آقای ابطحی بدون کم‌وکاست تحلیلش از اوضاع همین بود و با صراحت به ما اعلام کرد و گفت: «فلانی ببین، آقای خامنه‌ای غیر‌از امام است و آقای خاتمی بیست میلیون نفر پشت سردارد، ‌آقای خامنه‌ای هشت میلیون رأی آورد و اگر درگیری به وجود بیاید، شما مطمئن باشید که‌ آقای خامنه‌ای پیروز نخواهد شد. کودتا علیه مقام معظم رهبری توسط غوغاسالاران، قرار بود با انجام قتل‌ها از دو طریق صورت پذیرد : 🆔 @AndishkadehFCT

الف‌) متلاشی کردن وزارت اطلاعات : «... چون وزارت اطلاعات به هر حال وزارتی است که بدنه‌ آن با رهبری است، می‌خواهند این وزارت اطلاعات را متلاشی کنند. حسینیان بر این نکته تأکید می‌کند که در پروژه‌ قتل‌ها، مشارکتی‌ها تا حدود زیادی وزارت اطلاعات را متلاشی ساختند: اگر این بلایی را که جبهه‌ دوم خرداد، از جریان قتل‌ها و توطئه‌ای که علیه وزارت اطلاعات کردند، هر وزارتخانه دیگری بود به کلی متلاشی شده بود. خیلی به وزارت اطلاعات ضربه زدند؛ وزارتخانه‌ای که بچه‌های آن بر مبنای انگیزه‌ دینی کار می‌کردند، یکمرتبه به یک جنایت متهم شده که از بیرون هدایت می‌کردند و به نام وزیر اطلاعات علیه وزارت اطلاعات اطلاعیه نوشته می‌شود و بدون این‌که وزیر خبر داشته باشد، در تلویزیون می‌خوانند. بهترین افرادش دستگیر می‌شوند و یک‌سال و نیم تحت شدیدترین شکنجه‌ها قرار می‌گیرند و در اصل روحیه‌ این بچه‌ها را متلاشی می‌کنند و دنبال همین موضوع هم بودند. عباس عبدی حرف خوبی زد؛ در جایی گفت: ما ترجیح می‌دهیم وزارت اطلاعات ضعیفی داشته باشیم و در تهران منافقین در مقر حکومت خمپاره بزنند. عبدی که دلش برای مردم نسوخته، او می‌خواسته که وزارتخانه‌ای موجود نباشد که اگر با امریکا رابطه‌ای برقرار می‌کند کشف شود. آنها دنبال این بودند و موفق هم شدند. بنابراین نباید بیش از این توقع داشت، ولی امیدوار هستیم که بازسازی روحی بشوند و انشاءالله با روحیه‌ قوی از انقلاب حمایت کنند. 🆔 @AndishkadehFCT

ب) متهم کردن سپاه : آنان با اتهام‌زنی و به گردن سپاه انداختن قتل‌ها، در صدد القای آن بودند که مقام‌معظم رهبری چنین دستوری را صادر کرده‌اند. بعد پیگیری کردم که خب حالا چطوری می‌خواستند این ماجرا را گردن مقام معظم رهبری بیندازند. قتل‌ها را مرتکب شدند. خب قطعاً نمی‌گویند که خود آقا آمده و کشته. آقای موسوی در بازجویی می‌گویند که قرار بود ما این قتل‌ها را به گردن سپاه بیندازیم و بگوییم سپاه این کار را کرده و معلوم هم بود که سپاه زیر نظر فرماندهی کل قواست و وقتی که به گردن سپاه بیفتد، معنایش این است که‌ آقای خامنه‌ای چنین چیزی را دستور داده. تهیه و پخش نامه‌ مجعول منسوب به مقام‌معظم رهبری در مسجد حسین‌آباد آیت‌الله طاهری، دقیقاً در همین راستا انجام شد تا قتل دگراندیشان را به رهبری نسبت دهند: در مسجد حسین‌آباد آیت‌الله طاهری‌اصفهانی، اطلاعیه‌‌ای منتشر شد که در آن اطلاعیه با قلم و امضای جعل شده‌ مقام‌معظم رهبری خطاب به فرمانده سپاه سردار صفوی آمده بود که مضمونش چنین بود: آقای سردار صفوی این نویسندگان دگراندیش مرتد هستند و باید به جزای اعمالشان برسند. منتهی چون ناشی بودند از نظر خط و امضا با اینکه تلاش کرده بودند نامه جعلی باشد ولی مهری که از لحاظ طبقه‌بندی زده بودند مهری بود که در طبقه‌بندی جمهوری اسلامی آن مهر موجود نیست. این اطلاعیه در همان دو سه شبی که از همین جناح دوم خرداد آقایان نوری، کدیور و منتجب‌نیا برای سخنرانی می‌رفتند، پخش شد. سپس اطلاعاتی را از داخل زندان به دست آوردیم و فهمیدیم آقای موسوی (مصطفی کاظمی) مطرح کرده است که ما خواستیم به واسطه‌ این قتل‌ها بین رهبری و آقای خاتمی اختلاف بیندازیم و این کار را به رهبری نسبت بدهیم. 🆔 @AndishkadehFCT

انحراف پرونده‌ قتل‌ها : حسینیان همچنین می‌گوید: پرونده‌ قتل‌های زنجیره‌ای در مسیر انحرافی و غیر‌طبیعی قرار گرفت و بازجوهای پرونده‌ توسط علی ربیعی (عباد) به سازمان قضایی نیروهای مسلح تحمیل شدند. همه‌ کارها را آقای علی ربیعی (عباد) مشاور امنیتی رئیس‌جمهور انجام می‌دادند، حتی جناب آقای یونسی هم که وزیر اطلاعات بودند از این ماجرا خبر نداشتند که این بازجوها را گذاشتند. بعداً که رفتند و شروع به کار کردند، فهمیدند که این بازجوها را از بالا گفتند که بگذارید برای رسیدگی به این پرونده. حسینیان در افشاگری دیگری فاش می‌سازد، که انتخاب بازجوها در اصل کار سعید حجاریان بوده است و بازجوها از دوستان نزدیک وی بوده‌اند: بازجوهایی که از طرف دولت تعیین شده‌اند از جانب سعید حجاریان هستند و قتل‌ها یک توطئه است و جریان رسیدگی، یک توطئه است. شش هفت ماه قبل از کشف ماجرا، این خبر را در مشهد اعلام کردم. حسینیان همچنین اظهار می‌دارد که در ملاقاتی با نیازی، رئیس سازمان قضایی وقت، ماهیت قضیه را برای وی فاش ساخته و از دوستی بازجوهای پرونده با سعید حجاریان و انتخاب بازجوها توسط شخص وی پرده برداشته است و گفته که سپردن چنین پرونده‌ حساسی به سربازان سعید حجاریان، اشتباه محض است: «نیازی متأسفانه گوش نکرد به حرف من، الآن گرفتار شده است. به او گفتم اینها آدم‌های خطرناکی هستند. گفتم (که) آقای نیازی، اینها با سعید حجاریان ارتباط دارند، اینها از دوستان آنها هستند. مگر می‌شود پرونده‌ای را که خود آنها متهم هستند رسیدگی را به عهده‌ آنها گذاشت. نکن چنین کاری را!» حسینیان درباره سوابق این بازجوها می‌گوید: «دو نفر از بچه‌های چپ وزارت اطلاعات، من حالا کاری ندارم به سابقه‌ اینها. من خوب می‌شناسم این دو نفر را؛ یک نفر به نام مجتبی و یک نفر به نام مهدی. این دونفر بازجوهایی هستند که هر پرونده‌ای که دستشان بود، زمانی که من مسئول رسیدگی به پرونده‌های وزارت اطلاعات بودم، وقتی که پرونده‌هایی که اینها بازبینی کرده بودند، می‌گفتم از اول بازجویی بکنید. اینها اول سوژه را پدرش را درمی‌آوردند یا وادارش می‌کردند به خودکشی، (دو سه نفر از متهمین خودکشی کردند)؛ یا خودکشی می‌کند یا آبرویش را می‌برند. می‌گویند مساله‌ اخلاقی داشته یا جاسوس بوده، آخر سر هم هیچ چیزی از آن درنمی‌آوردند.» 🆔 @AndishkadehFCT

یونسی: سعید امامی خودکشی کرد : در آخرین روزهای خرداد ماه 1378 ، خبر خودکشی سعید امامی، متهم قتل‌های پائیز 1377، منتشر گردید و گفته شد وی روز 29 خرداد 1378 هنگام استحمام در بازداشتگاه با خوردن داروی نظافت خودکشی کرده است و بلافاصله به بیمارستان منتقل شده که تلاش‌های پزشکی برای نجات سعید امامی به شکست انجامیده است. محمد نیازی در گفتگویی رسانه‌ای سعید امامی، مصطفی کاظمی، مهرداد عالیخانی و خسرو براتی را به عنوان عاملان اصلی قتل‌ها معرفی کرد. وی گفت: «برخی از افراد بازداشت شده از نیروهای اطلاعاتی و بعضی نیز دارای شغل آزاد هستند.» او اعلام کرد: «با وجود مراقبت‌های ویژه‌ای که از سعید امامی یکی از عوامل اصلی و محوری این قتل‌ها به عمل می‌آمد، وی روز شنبه 29 خرداد در زمان استحمام در بازداشتگاه با خوردن داروی نظافت خودکشی کرد. وی پس از اقدام به خودکشی، بلافاصله به بیمارستان تخصصی منتقل شد ولی تلاش‌های پزشکی برای نجات وی مؤثر واقع نشد. وی افزود: با توجه به مدارک موجود و اعترافات صریح سعید امامی، وی هیچگونه راه فراری نداشت و اگر با این اتهامات به دادگاه می‌رفت حکم او اعدام بود! نیازی همچنین اظهار داشت: تاکنون تعداد 23 نفر به عنوان متهم در این پرونده تحت تعقیب قرار گرفته‌اند که بعد از تحقیقات لازم برخی از آنان با سپردن وثیقه آزاد شدند، 330 نفر نیز به عنوان مطلع و گواه در این پرونده مطرح هستند.» نیازی اعلام کرد: «در جریان تحقیقات، 3 نفر دیگر نیز اخیراً دستگیر شده‌اند که نتیجه، متعاقباً اعلام خواهد شد. یکی از آن سه نفری که در آن زمان دستگیر شدند، همسر سعید امامی بود. روز بعد اظهارات وزیر اطلاعات دولت خاتمی منتشر شد، که در بخشی از سخنانش به پرونده قتل‌ها نیز پرداخت و با اشاره به خودکشی سعید امامی مشهور به سعید اسلامی از متهمان اصلی پرونده در موقع استحمام تأکید کرد: وزارت اطلاعات به محض اطلاع از خودکشی وی، گروهی را مأمور به رسیدگی و مشخص کردن علت و انگیزه خودکشی کرد که بر اساس گزارش این گروه، پرونده بالینی بیمارستان و تحقیقات سایر کارشناسان، سعید امامی در یک لحظه فرصت پیش آمده در موقع استحمام، خودکشی کرده است. خودکشی سعید امامی اگرچه برای بسیاری از اطلاعات پرونده قتل‌های اخیر یک ضربه بود، ولی به مسیر رسیدگی و تحقیقات پرونده آسیبی وارد نخواهد کرد. وزیر اطلاعات گفت: فرد خودکشی کرده و سایر متهمان، اطلاعات زیادی را ارائه کردند که در زمان لازم قاضی مربوط در مرجع قضایی به اطلاع عموم خواهد رساند. یونسی با اشاره به اقدام‌ها و همکاری وزارت اطلاعات برای شناسایی، دستگیری و معرفی عاملان قتلهابه دستگاه قضایی یادآور شد: احتمال مسامحه مأمور مراقبت از سعید امامی قابل پیگیری و تحقیق و برای تکمیل پرونده دستورهای لازم صادر شده است. 🆔 @AndishkadehFCT

مراسم ختم سعید امامی و بیانیه حسینیان : چند روز بعد، حجت‌الاسلام حسینیان در حالیکه مجلس ختم سعید امامی به سوژه رسانه‌های دوم خردادی تبدیل شده بود، به مراسم شب هفتم‌ رفت تا بر بیگناهی امامی تأکید داشته باشد. این حرکت کافی بود تا روزنامه‌هایی چون نشاط، صبح امروز، ‌سلام، خرداد و عصر آزادگان فعال گردند و به تخریب و ترور شخصیت حسینیان بپردازند و در مقابل هجمه تبلیغاتی مشارکتی‌ها، حسینیان «توضیح نامه»‌ای می‌نویسد و در آن از تحریف سخنانش به‌دست غوغاسالاران خبر می‌دهد. او در این توضیح نامه بر تحلیل قبلی خود که در آن مصطفی موسوی (کاظمی) اصلاح‌طلب را متهم شماره‌ یک دانسته بود، صحّه گذاشته و فاش می‌سازد که معرفی سعید امامی به عنوان متهم اصلی از سوی غوغاسالاران در راستای سناریوی از پیش نوشته‌ آنها و با هدف انحراف مسیر پرونده و اذهان مردم از موسوی، متهم شماره‌ یک قتل‌های زنجیره‌ای، صورت گرفته بود: روزنامه‌های وابسته به جناح حاکم تلاش می‌کنند تا با یک مغالطه‌ آشکار «مجرم اصلی» را فردی جلوه دهند که الآن دستش از دنیا کوتاه است و قادر به دفاع از خود نیست. حسینیان همچنین این تصور مشارکتی‌ها که بتوانند وی را با ترور شخصیت از میدان بیرون کنند، اشتباه محض آنها می‌داند: غوغاییان سخت در اشتباه‌اند، اگر می‌پندارند با دروغ و تخریب و ناجوانمردی می‌توانند امثال حسینیان را از صحنه خارج کنند و صدای او را در گلو خفه کنند. این روشی را که جبهه‌ دوم خرداد در پیش گرفته‌است روش قابل دوامی نیست؛ تجربه نشان داده است که انحصار شکست خوردنی است. استبداد در هر شکلی فروریختنی است. 🆔 @AndishkadehFCT