بعد از پيروزي انقلاب و به دنبال تشكيل سپاه پاسداران انقلاب اسلامي، به عضويت اين نهاد در آمد و در سازماندهي واستحكام سپاه اروميه نقش فعالي را ايفا كرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب اروميه شد.

همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهرداراروميه نيز خدمات ارزنده اي را از خود به يادگار گذاشت.

ازدواج شهيد مهدي باكري مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود

و مهريه همسرش اسلحه كلت او بود.

شهيد باكري با استعداد و دلسوزي فراوان خود توانست درعمليات فتح المبين با عنوان معاون تيپ نجف اشرف در كسب پيروزي ها موثر باشد. در اين عمليات يكي از گردا نها درمحاصره قرار گرفته بود، كه ايشان به همراه تعدادي نيرو، باشجاعت و تدبير بی نظير آنان را از محاصره بيرون آورد.

درهمين عمليات در منطقه رقابيه از ناحيه چشم مجروح شد و به فاصله كمتر از يك ماه در عمليات بيت المقدس )با همان عنوان( شركت كرد و شاهد پيروزي لشكريان اسلام بر متجاوزين بعثي بود.

در مرحله دوم عمليات بيت المقدس از ناحيه كمر زخمي شد

وبا وجود جراحت هايي كه داشت،

 در مرحله سوم عمليات به قرارگاه فرماندهي رفت تا برادران بسيجي را از پشت بي سيم هدايت كند.

در عمليات رمضان با سمت فرماندهي تيپ عاشورا به نبرد بي امان در داخل خاك عراق پرداخت و اين بارنيز مجروح شد،

اما با هر نوبت مجروحيت، وي مصمم تر ازپيش در جبهه ها حضور مي يافت و بدون احساس خستگي براي تجهيز، سازماندهي ، هدايت نيروها و طراحي عمليات، شبانه روز تلاش مي كرد.

بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست