ات نیز به تصرف آنان درآمد. در نیمه دوم شهریور 1375، شهر جلال‌آباد و پنجم مهر ماه همین سال بالاخره کابل به تصرف طالبان درآمد و جنگ در ایالت‌های دیگر استمرار یافت. سوم خرداد 1376 مزار شریف به تصرف طالبان درآمد؛ سه روز بعد با «قیام عمومی مردم» از آن عقب‌نشینی کرد، اما طالبان در حدود 14 ماه بعد (17 مرداد 1377) با تلفات بسیار دوباره بر مزار شریف تسلط یافت.
سه روز پس از این، طالبان بر «ولایت تخار» سیطره پیدا کرد و یک ماه پس از آن ـ 22 شهریور 1377 ـ بر «ولایت بامیان» نیز تسلط یافت. طالبان در 4 آبان 1376 رسماً نام «امارت اسلامی افغانستان» را جایگزین دولت اسلامی افغانستان کرد. بنابراین اگرچه استقرار حکومت طالبان از آبان 1376 شروع شد، اما این به معنای تسلط کامل حکومت طالبان بر همه ولایات و ولسوالی‌های این کشور نبود. کما اینکه طالبان در تاریخ پنجم مرداد ماه 1378 حمله وسیع خود را برای تصرف ولایات شمال کابل آغاز کرد. این به معنای آن است که طالبان پنج سال درگیر استقرار حکومت مطلوب خود بود. حکومت مطلوبی که 21 آبان 1380 با سقوط آخرین پایگاه‌های نظامی آن در اطراف شهر کابل به پایان رسید.
طالبان در این دوره، یک بار پس از آنکه با مقاومت شدید مردم در ولایات شمالی مواجه شد، در تاریخ 9 اردیبهشت 1377 به مذاکره با علمای جبهه متحد شمال در اسلام‌آباد تن داد. از آن طرف در دوره تشکیل امارت طالبان، این حکومت از سوی سازمان ملل و اکثریت قاطع کشورهای جهان و از جمله اغلب همسایگان این کشور به رسمیت شناخته نشد. سازمان ملل در تاریخ 3 آبان 1378، یک سال دیگر اعتبار حکومت برهان‌الدین ربانی را که بیش از ده درصد افغانستان در اختیار نداشت تمدید کرد. پارلمان اروپا نیز هفت ماه پیش از سقوط طالبان، «احمدشاه مسعود» وزیر دفاع دولت ربانی را به بروکسل، پایتخت اتحادیه اروپا دعوت و از وی استقبال کرد.
در این دوره هرج و مرج اتفاقات مهمی روی دادند. پنجم مهر ماه 1375، دکتر نجیب‌الله آخرین رئیس‌جمهور دوره مارکسیست‌ها که به دفتر سازمان ملل در کابل پناهنده شده بود، به همراه برادرش احمدزی از این دفتر بیرون کشیده شد و به قتل رسید و بدنشان در میادین کابل به دار آویخته شدند.
در تاریخ 17 مرداد 1377، 9 دیپلمات و یک خبرنگار ایرانی در حمله مهاجمان به کنسولگری ایران در مزار شریف به شهادت رسیدند. منابع خارجی گروه طالبان را عامل این حمله معرفی کردند که البته با تکذیب مکرر رهبران این گروه مواجه شد. بعضی از منابع امنیتی معتقدند حمله به کنسولگری ایران و شهادت 10 نفر از مأمورین ایرانی توسط سرویس اطلاعاتی پاکستان و با هدف ممانعت از شکل‌گیری روابط بین حکومت جدید افغانستان و ایران و نیز کشاندن پای ایران به درگیری صورت گرفت و ارتباطی به حکومت طالبان نداشت. در واکنش به تحولات افغانستان و اتفاقاتی که برای دیپلمات‌های ایرانی افتاد، ارتش ایران 10 شهریور 77 دست‌اندرکار برگزاری یک مانور نظامی شد که منابع نظامی آن را علامت ورود ایران به جنگ علیه طالبان ارزیابی کردند. رهبر معظم انقلاب اسلامی در آن زمان به برگزاری مانور در مرزهای شمال شرق کشور انتقاد و ورود ایران به درگیری را رد کردند.
طالبان در تاریخ 27 اسفند 1378 بزرگداشت عید نوروز را که یکی از وجوه مشترک فرهنگی ایران، افغانستان و چند کشور دیگر است ممنوع کرد و از برگزاری جشن پرهیز داد و آن را غیرمشروع خواند. یک مفتی طالبان در تاریخ 9 اسفند 1379، فتوای نابودی تمام مجسمه‌ها را به عنوان آثار شرک و مشرکین صادر کرد و 13 روز بعد آثار باستانی نایاب در ولایت بامیان تخریب شدند که اعتراضات شدیدی را در پی داشت. در تاریخ 18 شهریور 1380، حدود دو ماه پیش از آنکه آخرین پایگاه‌های نظامی طالبان در اطراف کابل سقوط کنند، چهره نامدار افغانستان، «احمدشاه مسعود» در منطقه خواجه بهاءالدین ولایت تخار به شهادت رسید. غربی‌ها انگشت اتهام را به سوی طالبان گرفتند؛ اما بررسی‌های اطلاعاتی بیانگر آن است که این ترور ناجوانمردانه از سوی سرویس اطلاعاتی انگلیس، MI6 و در پوشش مصاحبه یک خبرنگار و با استخدام عامل انتحاری به وقوع پیوست. گفته می‌شود آمریکا و انگلیس که در پی حمله به افغانستان و تصرف این کشور بودند، به دلیل آنکه احمدشاه مسعود را مهم‌ترین خطر امنیتی در به نتیجه رسیدن این تهاجم و استقرار سیستم سیاسی ـ امنیتی مدنظر خود می‌دانستند، پیش از حمله از میان برداشتند و ردپای خود را با عملیات انتحاری از بین بردند تا اتهام علیه گروه‌های مذهبی نظیر طالبان پذیرفتنی باشد.
پیش از این در تاریخ 20 اسفند 1373 یعنی در آغاز حرکت طالبان برای تصرف افغانستان، شخصیت جهادی برجسته شیعه «عبدالعلی مزاری» در ولایت میدان افغانستان در حالی که اسیر طالبان بود، به شهادت رسید. منابع اطلاعاتی ایران عامل این ترور را سرویس اطلاعاتی پاکستان و بعضی از منابع خارجی طالبان را مسئول به شهادت رساندن آقای مزاری دانستن