در قم متولد شد. تولدش با آغاز نیابت حسین بن روح سومین نایب خاص حجت بن حسن هم‌زمان بوده‌است. پدرش صدوق اول علی بن حسین بن موسی بن بابویه، فقیه شیعه و در زمان حسن عسکری و حجت بن حسن می‌زیست و مورد احترام آنان بود.(هر دو پدر و پسر معروف به ابن بابویه و صدوقَین هستند.) وی از طرف رکن الدوله دیلمی پادشاه ری دعوت شد و نزد او و وزیرش صاحب بن عباد می‌زیست و ریاست روحانی شیعیان به او واگذار شد. به شهرهای خراسان، ماوراءالنهر، نیشابور، بلخ و بخارا سفر کرد و برای زیارت به حجاز و عراق رفت و در شهرهای کوفه و بغداد، علما از معلوماتش استفاده کردند و به ایران بازگشت و در سال ۳۸۱ در ری درگذشت. من لایحضره الفقیه به‌خاطر سخت‌گیری بر شیعیان زندگی در قم برایش مشکل بود و به طرف یکی از روستاهای بلخ، که ساکنان آن همه شیعه بودند، مهاجرت کرد. یکی از سادات بلخ به نام شریف الدین ابو عبدالله محمد بن حسین، معروف به نعمت، از او درخواست کرد که مانند کتاب من لایحضره الطبیب، نوشتهٔ زکریای رازی،‌ او هم کتابی در علم فقه به نگارش درآورد تا مورد استفادهٔ کسانی قرار گیرد که به فقها دسترسی ندارند. و او من لایحضره الفقیه را تألیف نمود.