ایشان حوزه های علمیه را مرکز آموزش اسلام و تعمیق آن در جامعه دانستند و گفتند: شناساندن معارف دینی به مردم بخشی از وظایف حوزه های علمیه است و بخش دیگر این وظیفه، محقق کردن معارف دینی در متن زندگی مردم است.
رهبر انقلاب اسلامی با استناد به آیات متعدد قرآن مجید درباره مجاهده و مقاتله انبیاء الهی تأکید کردند: وظیفه پیامبر فقط بیان معارف اسلام نیست، به همین علت نبی مکرم اسلام برای عملی شدن توحید و اقامه قسط، مجاهدت و مبارزه می کند تا اسلام در معنای جامع و کامل آن محقق شود.
ایشان خاطرنشان کردند: علما نیز به عنوان ورثه انبیا موظفند برای تحقق اسلام در محیط زندگی مردم تلاش کنند که اوج این تلاش را امام رضوان‌الله‌تعالی‌علیه در مقام یک حکیم واقعی انجام داد.
حضرت آیت الله خامنه ای با انتقاد از برخی که می گویند همراهی حوزه با امام برای تشکیل نظام اسلامی خارج از وظایف حوزه بوده است، گفتند: کاری که حوزه و بزرگان حوزه در زمان مبارزات منتهی به تشکیل جمهوری اسلامی انجام دادند، دقیقاً جزو وظایف ذاتی و هویتی حوزه بود.
ایشان در تبیین وظایف کنونی حوزه ها افزودند: بعد از تشکیل نظام اسلامی باید دولت اسلامی به معنای واقعی کلمه، سپس جامعه اسلامی، و بعد از آن تمدن حقیقی اسلامی به‌وجود آید که حوزه‌ها در این روند مسئولیتهای سنگینی دارند که باید با فکر و تعمق، این وظایف را درک و برای ادای آنها برنامه ریزی و تلاش کرد.
رهبر انقلاب اسلامی با تحسین بیان، لحن و ادبیات مناسب طلاب به آنها توصیه کردند: حرفهای خوبی را که امروز درباره «سبک زندگی»، «حکمرانی اسلامی»، «استقرار توحید در جامعه»، «مبارزه با طواغیت» و مسئله مهم «عدالت» بیان کردید، به میان مردم سراسر کشور ببرید و با افزایش معرفت جامعه، گفتمان های انقلابی را تقویت کنید.
حضرت آیت الله خامنه ای در تبیین «چیستی و هویت حوزه» افزودند: حوزه مرکزی است که عالم دینی پرورش می دهد تا او با تسلط بر معارف اسلامی برای تحقق اسلام وارد میدان عمل شود، بنابراین همه برنامه ریزی ها و کارهای حوزه باید در چارچوب این هویت و شاکله اصلی انجام شود.
حضرت آیت الله خامنه ای جهت دادن به نحوه استفاده از علوم طبیعی در جامعه را از دیگر وظایف حوزه ها خواندند و در بیان چند نکته به طلاب تأکید کردند: فقه و درس خواندن را کاملاً جدی بگیرید.