ساواک و اختلاف‌افکنی در صف مبارزان ساواک خرسند بود که در قیام 15 خرداد 1342، توانسته است اعضا و رهبران جبهه ملی دوم را از تأیید قیام روحانیون بر ضد حکومت و حمایت کردن از آنها دور نگه دارد. ساواک توانست بقایای جبهه ملی را طی تابستان 1342 منزوی کند و بین رهبران و اعضای جبهه ملی و طرفداران آن اختلافاتی حل‌ناشدنی به‌وجود آورد. روحانیون، علما و بسیاری از مخالفان سیاسی ـ مذهبی حکومت نیز نسبت به جبهه ملی بدبین و بی‌اعتماد شدند. ساواک در ماه‌های پایانی سال 1342، از بحرانی که سرانجام جبهه ملی دوم را به سقوط کشانیده بود، ابراز رضایت و خرسندی می‌کرد. گزارش‌های ساواک نشان می‌دهد که برخی از اعضای پراکنده جبهه ملی قصد داشتند با نزدیک شدن به امام خمینی، در میان مخالفان سیاسی حکومت وجهه‌ای کسب کنند. در اردیبهشت 1343 ساواک از گسترش بیشتر اختلاف بین رهبران و اعضای برجسته جبهه ملی دوم سابق خبر می‌دهد. اعضای به‌اصطلاح تندرو و افراطی جبهه ملی، گروه میانه‌رو را به دلیل نقشی که در اضمحلال جبهه داشته‌اند، شماتت کرده و خواستار تجدید فعالیت جبهه ملی شده‌ بودند. ساواک تلاش می‌کرد در قبال موضع گیری های گروه تندرو، از گروه میانه‌رو، که ارتباطاتی هم با ساواک داشتند، حمایت و درنهایت هر دو گروه متخاصم را تضعیف کند. از سوی دیگر، ساواک گروه تندرو را بدنام کرد و با نفوذ در میان آنان، تفرقه و اختلاف درونی آنان را شدت بخشید. ساواک تلاش می‌کرد روابط اعضای جبهه ملی را با دکتر مصدق، که در احمدآباد به سر می‌برد، تیره و جوّی توأم با بی‌اعتمادی بین آنها ایجاد کند. ساواک که در پی تضعیف نهضت مبارزه امام از سویی، و تضعیف روحانیت حوزوی از سویی دیگر بود، نقشه‌هایی طراحی کرد تا بر اساس آن از طریق «تشدید اختلافات»، هم روحانیت حوزوی با محوریت آیت‌الله گلپایگانی و هم جریان روحانیت سیاسی مبارز با محوریت امام خمینی را به جان هم اندازد تا وقت و نیرویی را که باید صرف مبارزه با رژیم شاهنشاهی شود، مصروف و مشغول این کار کنند. اسفندماه 1349 مقدم، مدیرکل اداره سوم ساواک، طی نامه‌ای به رئیس ساواک اصفهان می‌نویسد: «اخیرا شخصی به نام شیخ نعمت‌الله نجف‌آبادی کتابی تحت عنوان شهید جاوید چاپ و منتشر ساخته که در آن مطالبی برخلاف عقاید شیعه و در ردّ علم غیب ائمه درج نموده و شیخ حسینعلی منتظری مقدمه‌ای بر آن کتاب نوشته و این امر موجب ناراحتی طلاب و روحانیون قم را فراهم آورده است؛ به نحوی که اعلامیه‌هایی علیه آنان چاپ و توزیع کرده‌اند. خواهشمند است دستور فرمایید با استفاده از جریان فوق و اشاعه آن نسبت به بهره‌برداری از این موضوع علیه منتظری اقدام و نتیجه را اعلام نمایند.»   مقدم در اردیبهشت‌ماه ۱۳۵۰ نیز در نامه‌ای مشابه به ساواک قم می‌نویسد: خواهشمند است دستور فرمایند در مورد تضعیف طرفین (طرفداران امام خمینی و آیت‌الله گلپایگانی) ترتیبی اتخاذ گردد که اختلاف موجود در این زمینه گسترش یافته و بهره‌برداری‌های لازم از اختلاف مذکور را اعلام نمایند.   ساواک حتی تلاش می‌کرد مخالفان را با حکومت همراه سازد، اما این اتفاق رخ نداد. طرفداران امام خمینی با هرگونه مماشات با رژیم پهلوی پس از خرداد مخالف بودند؛ بنابراین در اقدامی دیگر، ساواک و محمدرضا پهلوی آنان را متعصبین و کهنه‌پرستان کشور و نیروهای ارتجاعی نامیدند. درواقع قصد داشت با بهره‌گیری از واژه‌هایی این‌چنینی برای وصف مخالفان، پایگاه اجتماعی آنها را نزد ملت تضعیف کند؛ آنها را ستون‌های پنجم می‌نامید تا مردم احساس کنند آنها در خدمت بیگانه‌اند؛ آنها را مارکسیسم اسلامی می‌نامید تا بدبینی نسبت به دین مخالفان رژیم به‌وجود آید. او خود را مذهبی می‌دانست و با روایتی از مذهب، که به دنبال دخالت در سیاست نبود، دوستی می‌کرد تا پایگاه اجتماعی خود را در بین مردم از دست ندهد. با نگاهی گذرا به فعالیت‌ها و عملکرد بیست‌ساله ساواک و موجودیت آن سازمان مشخص می‌شود که منافع ملی و کشور در اولویت کاری این سازمان قرار نداشت. عمده فعالیت این سازمان و رهبران آن، حفظ حکومت استبدادی محمدرضا پهلوی بود. از منظر ساواک، حفظ حکومت شاه برابر با حفظ امنیت کشور بود. از مهم‌ترین ابزار مقابله ساواک با مخالفان، سیاست تفرقه‌افکنی بود. ساواک در برخی از موارد با برچسب‌زنی نظیر کمونیستی خواندن برخی مخالفان و جلوگیری از گسترش آن در ایران، به مقابله با آنها می‌پرداخت. در وهله دوم ساواک کوشید با ایجاد تفرقه میان نیروهای مختلف اسلامی، مانع از اتحاد آنان پیرامون انقلاب اسلامی شود که در نهایت ناکام ماند. در حقیقت آشکار بود که ساواک با توجه به روش‌های غیرانسانی که پیشه خود ساخته است، از مشروعیت برخوردار نیست. این بی‌تدبیری ساواک را در چنان موقعیتی قرار داد که اساسا چیزی جز بدنامی برای آن در پی نداشت.