فدائیان اسلام تا پیش از استوار شدن جایگاه آیت الله بروجردی مورد حمایت برخی مراجع قم از جمله آیت الله محمد تقی خوانساری بودند. اما بنابر روایات شفاهی موجود از سال ۱۳۲۹ش به بعد نواب و طرفدارانش مشکلاتی با دستگاه آیت الله بروجردی پیدا کردند. ریشه این اختلافات را در نوع نگاه و نگرش فدائیان که سخت سیاسی بودند با آیت الله بروجردی که چنین نگاهی به سیاست و مداخله در آن نداشت (تا جایی که هیچ مداخله‌ای در جریان ملی شدن صنعت نفت نکرد) دانسته‌اند.این اختلافات با ورود و نفوذ فدائیان در حوزه علمیه قم شدت گرفت و تا منازعات فیزیکی برخی منسوبین به بیت آیت الله بروجردی از جمله فردی به نام شیخ علی لر با شماری از فدائیان پیش رفت. مطابق برخی نقل‌ها آیت الله بروجردی در یکی از جلسات درس خود و در یکی از برخوردهای مستقیم با فدائیان اسلام می‌گوید: «دعوت به اسلام و مبارزه برای اسلام که بدین صورت نیست. با تهدید و غصب اموال مردم که نمی‌شود مبارزه کرد.» این سخنان در پی نامه‌هایی بود که در شکایت از فدائیان به وی رسیده بود. برخی افراد بروز این اختلافات و موضعگیری‎ها را حاصل اقدامات برخی افراد مشکوک می‌دانند که هم میان طرفداران فدائیان در قم و هم در میان هواداران آیت الله بروجردی حضور داشتند. در کنار این جریانات، خاطرات مختلفی درباره کمک‌های مالی آیت الله بروجردی به فدائیان و به خصوص نواب صفوی وجود دارد.نواب در یکی از بازجویی‌ها با اذعان به اعلمیت آیت الله بروجردی و درباره عدم اقدام سیاسی توسط وی می‌گوید: «من سرباز اسلام هستم و آقای بروجردی افسر هستند. و تا زمانی که‌ سرباز‌ هست، افسر به میدان نمی‌رود. ایشان، مقامشان عالی‎تر است و از طرفی، ما هستیم، اگر ما نبودیم، ایشان اقدام‌ می‌فرمودند. و با‌ وجود‌ ما، لازم‌ نیست‌ که ایشان اقدام بکند.» آیت الله بروجردی در قضیه اعدام نواب صفوی و فدائیان اسلام دخالتی نکرد که البته این را ناشی از اطمینان وی به عدم اعدام آنان توسط رژیم می‎دانند. 🌼@bshmk33