امام خمینی در تاریخ ۱ تیر ۱۳۶۰ پیامی به مناسبت شهادت دکتر مصطفی چمران صادر فرمود: بسم اللَّه الرحمن الرحیم‏ إنا للَّه و إنا إلیه راجعون‏ شهادت انسان ‏ساز سردار پر افتخار اسلام و مجاهد بیدار و متعهد راه تعالی و پیوستن به ملأ اعلی‏، دکتر مصطفی چمران را به پیشگاه ولی عصر- ارواحنا فداه- تسلیت و تبریک عرض می ‏کنم. تسلیت از آن رو که ملت شهیدپرور ما سربازی را از دست داد که در جبهه‏ های نبرد با باطل، چه در لبنان و چه در ایران حماسه می ‏آفرید و سرلوحه مرام او اسلام عزیز و پیروزی حق بر باطل بود. او جنگجویی پرهیزکار و معلمی متعهد بود که کشور اسلامی ما به او و امثال او احتیاج مبرم داشت. و تبریک از آن رو که اسلام بزرگ چنین فرزندانی تقدیم ملتها و توده ‏های مستضعف می‏ کند و سردارانی همچون او در دامن تربیت خود پرورش می ‏دهد. مگر چنین نیست که زندگی عقیده و جهاد در راه آن است. چمران عزیز با عقیده پاک خالص غیر وابسته به دستجات و گروه های سیاسی و عقیده به هدف بزرگ الهی، جهاد را در راه آن از آغاز زندگی شروع و با آن ختم کرد. او در حیات با نور معرفت و پیوستگی به خدا قدم نهاد و در راه آن به جهاد برخاست و جان خود را نثار کرد. او با سرافرازی زیست و با سرافرازی شهید شد و به حق رسید. هنر آن است که بی ‏هیاهوهای سیاسی و خودنمایی های شیطانی برای خدا به جهاد برخیزد و خود را فدای هدف کند نه هوی‏، و این هنر مردان خداست. او در پیشگاه خدای بزرگ با آبرو رفت. روانش شاد و یادش بخیر. و اما، ما می ‏توانیم چنین هنری داشته باشیم؟ با خداست که دستمان را بگیرد و از ظلمات جهالت و نفسانیت برهاند. من این ضایعه را به ملت شریف ایران و لبنان، بلکه به ملتهای مسلمان و قوای مسلح و رزمندگان در راه حق و به خاندان این مجاهد عزیز تسلیت عرض می ‏کنم و از خداوند تعالی رحمت برای او و صبر و اجر برای بازماندگان محترمش خواهانم. روح اللَّه الموسوی الخمینی‏ (منبع: صحیفه امام، ج‏۱۴، ص: ۴۷۸) کوی جانان صاحب الزمان علیه السلام @emamzadehazezollah