#مبارزه با اسلام اهل سنت و بقیه مذاهب مجلسی گفت: «حاکمان باید شیعه بوده و به شرایع مذهب تشیع پای‌بند باشند و چون صفویه مروّج مذهب شیعه می‌باشد، قابل تقدیرست.» او شاه را به سرکوب و کشتار مخالفان از جمله اهل سنت ترغیب می‌کرد و اختلافات و دشمنی بین طوایف و قشرهای مردم را در پی داشت چنان‌ که پس از او، اختلافات مذهبی موجب قدرت‌یابی افاغنه شد.  وی کتابی نوشت بنام رساله تعیین روز قتل عمر و فضائل نهم ربیع الاول که در آن عمر ابن خطاب را معلون مینامد و از قول امام محمد نقی میگوید روز قتل عمر روز عید است. وی میگوید در کفر عمر ابن خطاب شکی نیست و کسانی که او را مسلمان میدانند نیز کافر هستند از نظر مجلسی، سرچشمه های واقعی «مکروه، شر، کفر، گناه و معصیت» ابوبکر، عمر و عثمان هستند که باید مسئولیت تداوم کفر و گناه در زمین را نیز بر عهده بگیرند. مجلسی با نقل احادیث منسوب به ائمه ادعا می کند که «پیروان ابوبکر، عمر و عثمان به جهنم می روند» در کتاب عین الحیات میگوید : جابلقا شهری است در غرب با هفتاد هزار سکنه که همه پاک و مذهبی هستند و هیچ کاری نمیکنند بجز لعنت کردن عمر و ابوبکر و صلوات فرستادن .  مجلسی ادعا میکند عایشه و حفصه پیامبر را مسموم کردند و باعث مرگ او شدند