ساخت مسجد قبا پیامبر اکرم (صلی‌الله‌علیه‌وآله‌وسلم) در توقف کوتاه‌ خویش در قریۀ قبا، تصمیم گرفت پایگاهی برای فعالیت‌های عبادی و سیاسی مسلمانان آن منطقه برپا کند. ایشان، به پیشنهاد بن یاسر یا به ‌تقاضای ساکنان آن قریه، با خریدن زمینی که متعلق به کلثوم‌ بن هدم بود، سنگ بنای این مسجد را گذاشت، که اولین مسجد در نخستین روزهای هجرت پیامبر‌ به مدینه محسوب شده‌ است. رسول اکرم‌ (صلی‌الله‌علیه‌وآله‌وسلم) مساحت مسجد را بر اساس خط سیر شتر خویش مشخص نمود و خط قبله را تعیین کرد و سپس همراه صحابه، به ساخت آن مشغول شد. گرداگرد مسجد، دیواری از سنگ‌های حرّه (آتشفشانی) برافراشتند و سقف آن را بر روی سه‌ردیف ستون قرار دادند. محل نماز پیامبر، ‌ قبل از تغییر قبله، در محل دیوار شمالی مسجد قرار داشت که در توسعۀ دوران آل‌سعود برداشته شد. به گفتۀ ابن‌ شبه، طول و عرض مسجد مساوی و مساحت آن حدود ۳۴ متر بود. ] رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌وآله‌وسلم) به حدی در ساخت مسجد خود را به زحمت می‌انداخت و خشت‌ها را بر دوش می‌کشید که اصحاب متأثر می‌شدند و از ایشان تقاضا می‌کردند که فقط ناظر امور باشند، اما آن حضرت نمی‌پذیرفت و در حین کار، همراه با صحابه، قوافی اشعار آنان را تکرار می‌کرد: «قد افلح من یعمر المساجداً و یقرأ القرآن قائماً و قاعداً