قیام در شهر کربلا روز ۱۸ شعبان آغاز شد[۱۰] هر چند روز ۱۶ شعبان درگیری‌های پراکنده‌ای در این شهر اتفاق افتاده بود.[۱۱] تحرکات مردمی کربلا سه روز ادامه داشت و در روز سوم مردم کنترل شهر را به دست گرفتند.[۱۲] پیامدها نتفاضه شعبان ۱۵ روز ادامه داشت.[۱۳] انقلابیون توسط نیروهای صدام به شدت سرکوب شدند؛ بنابر آمار غیررسمی حدود سیصد هزار نفر از مردم کشته و حدود دو میلیون نفر عراقی آواره شدند.[۱۴] سه شهر نجف،‌ کربلا و کرکوک دست‌خوش بیشترین خرابی‌ها بودند.[۱۵] نیروهای بعثی در کربلا و نجف ده‌ها مسجد، مدرسه دینی و حسینیه را خراب کردند.[۱۶] بسیاری از کتاب‌های خطی ارزشمند نیز نابود شد.[۱۷] پس از سرکوب قیام، شخص آیت‌الله خویی به‌همراه تعدادی از افراد خانواده و نزدیکانش بازداشت و به بغداد منتقل شد.[۱۸] و پس از چند روز به اجبار در برابر دوربین‌های تلویزیون، با صدام گفتگو کرد.[۱۹] سید محمدرضا موسوی خلخالی، سید جعفر بحرالعلوم و سید عزالدین بحرالعلوم که از نمایندگان آیت‌الله خویی بودند پس از سرکوب قیام اعدام شدند.[۲۰] سید محمد سبزواری، شیخ محمدرضا شبیب ساعدی و سید محمد صالح خرسان نیز از عراق مهاجرت کردند.[۲۱]