یوسبیوس که در این نزاع مثل اکثر روحانیون جانب آریوس را گرفته به شدت محکوم شد و آزار و اذیت فراوانی متحمل شد اما از اعتقاد خود رجوع نکرد.[8] سرانجام مورخ بزرگ پس از نزاع‌های بوجود آمده در نیقیه و هتک حرمت‌های اعمال شده از طرف جناح ضد آریوسی که در نهایت به اخراج یوسبیوس از شورای انطاکیه انجامید او راه انزوا در پیش گرفت و تا زمان مرگش یعنی سال 314 در قیصریه در منصب خود باقی ماند. آراء یوسبیوس یوسبیوس به علت حضور در دوره‌ای سرنوشت ساز، یعنی دوران شکوفایی مسیحیت و ظهور پدران مسیحی که هر یک صاحب اندیشه‌های چالشی خاص خود بودند از نظریات مهمی برخوردار است که برخی از بحث برانگیزترین این اندیشه‌ها از این قرار هستند: 1- امپراطور به منزله نماینده خدا: یوسبیوس که مدح مسیحیت رسمی را نسبت به کنستانتین می‌نوشت، او را در کتاب تاریخ امپراطوری با عنوان محبوب عزیز خدا توصیف کرده و مخالفت با او را مخالفت با خود خدا خوانده است. به نظر یوسبیوس امپراطور که رئیس حکومت بود، در عین حال نماینده مسیحیت نیز بود.[9] البته به این دیدگاه یوسبیوس انتقاد‌های فراوانی وارد شده. مثلا رابرت وورست در کتابش در انتقاد به ایمانی که یوسبیوس از کنستانتین روایت کرده، می‌گوید: یوسبیوس، اسقف قیصریه در ابتدای قرن چهارم، نخستین و بزرگ‌ترین مورخ کلیسای قدیم بود. او علاقه خاصی به کنستانتین داشت و منزلت جدید کلیسا تحت حکومت کنستانتین را نشانه عنایت الهی می‌دانست. نوکیشی کنستانتین اصولا امری معنوی نیست بلکه جنبه نظامی دارد. هدف کلی یوسبیوس این است که کنستانتین را مسیحی معرفی کند. اما کسی که با دقت متن نامه یوسبیوس را بخواند، مشاهده می کند که یوسبیوس با مهارت ( واحتمالا با دقت ) پرستش خورشید پیروز از سوی کنستانتین را با ایمان به مسیح در هم آمیخته است : «کنستانتین به سبب افسون‌های شرورانه و مسحور کننده‌ای که آن ستمگر (ماکسنتیوس) مجدّانه به کار می‌برد به این نتیجه رسید که به کمکی بیشتر -از آنچه نیروهای نظامی‌اش می‌توانست پیوسته برای او فراهم کند- نیاز دارد بنابراین او در جست و جوی کمکی الهی برآمد ....»[10] 2- حمایت از آریانیزم (یگانگی خدا): یوسبیوس پس از جریان آریانیزم همانند بسیاری از الهی‌دانان غرب و شرق امپراطوری از آریوس حمایت کرد. البته در شورای نیقیه از این حمایت خود دست برداشت اما با توجه به نامه‌ای که پس از این برای اعضای کلیسایش نوشت اکراهی بودن این تغییر موضع را روشن می‌کند. تونی لین مسیحی در کتابش این واقعیت را اینگونه روایت می‌کند: «...اما تایید و امضای اعتقادنامه نیقیه از سوی او با اکراه و تلخکامی و حتی تزویر انجام شد. نامه وی به کلیسایش در قیصریه که به دست ما رسیده است نشان می‌دهد که او سعی می‌کند اعمال خود را برای اعضای کلیسایش توضیح دهد تا مبادا در مورد او شایعاتی پخش شود. او در توجیه اینکه چرا اعتقادنامه نیقیه را امضا کرده است تفسیرهایی از این اعتقادنامه ارائه می‌دهد که محتوای واقعی اعتقادنامه را از اساس تحریف می‌کند...»[11] نکته جالب اینجاست که تونی لین پیش و پس از نقل این متن، از یوسبیوس به عنوان یک تاریخ نویس و نه الهی‌دان یاد می‌کند؛ در حالی‌که گویا فراموش کرده که یوسبیوس، همانطور که خود تونی لین معرفی کرده[12]، از ابتدای جوانی غرق در پژوهش‌ها و تحقیق‌های الهیاتی است. 3- حمایت از آراء اریگن (الوهیت پایین‌تر پسر): یوسبیوس همانند استادش پامفیلوس از ستایندگان پرشور اریگن بود و از آنجا که اریگن به سبب ارائه نظریه الوهیت پایین‌تر مسیح توسط کلیسا بدعت‌گذار معرفی شده بود این دو به اتفاق هم، دفاعیه‌ای در مورد اریگن نوشتند.[13] 4- سند انجیل: یوسبیوس در واقع قدیمی‌ترین نقلی که راجع به سند انجیل و عهد جدید وجود دارد را ثبت کرده اما این ثبت او نیز چندان فایده ای ندارد. زیرا نقل او از پاپیاس است که دو قرن با او فاصله دارد و این نقل او در عمل بی‌اعتبار است و علاوه بر این نکته نقادان جدید از جهت دیگری این سندیت را زیر سوال برده اند. ایشان می‌گویند: «گفته پاپیاس نمی‌تواند بر این انجیل منطبق باشد. لغت ‌شناسان گفته‌اند که این انجیل در اصل باید به زبان یونانی نوشته شده باشد و انجیلی که پاپیاس از آن خبر می‌دهد به زبان عبری نوشته شده و از انجیل عبری متی هیچ نشانی در دست نیست.»[14] آثار مورخ یوسبیوس همانگونه که در مقدمه اشاره شد تاریخ‌نویس بزرگی برای کلیسا محسوب می‌شود اما علاوه بر این دارای تالیفات ارزشمند دیگری نیز هست که به برخی از موثرترین آنها اشاره می‌شود: 1- تاریخ کلیسا: این کتاب مهم‌ترین اثر او بشمار می‌رود که در آن رشد و توسعه کلیسا را از ابتدای پیدایش تا سال 324 تشریح می‌کند. این اثر وی بدین جهت ارزشمند تلقی می‌شود که شواهد و اطلاعات بسیاری در آن وجود دارد که در صورت عدم نگارش به دست ما نمی‌رسید.