تاریخچه کتابخانه قسمت سوم مهاجمان افغان در سال 1135ق شهر قم را ویران کردند به طوری که خسارت‌های آن بیشتر از حمله تیمور بود؛ در این درگیری‌ها، کتاب‌های کتابخانه نیز از صدمه مصون نماند.