یادداشت رمز عاقبت بخیری شهید رجایی، پیوند با اسلام و روحانیت شهید رجایی یکی از معدود افرادی است که در جریان مبارزه با رژیم شاهنشاهی با اکثر گروه های مخالف ارتباط و همکاری داشته است؛ وحتی دستگیری و محکومیت وی بخاطر ارتباط با نهضت آزادی، مجاهدین خلق و شخص بهرام آرام می باشد.{اسناد ساواک} اما نکته ای که قابل توجه است ارتباط او با مسجد و روحانیت است و همواره حضور پر رنگ او در جلسات مسجد هدایت دیده می شود. و این ارتباط همواره از انحراف وی جلوگیری کرده آن جا که بسم الله الرحمن الرحیم در بیانیه های مجاهدین خلق حذف می شود از آن ها فاصله میگیرد.{نقل از همسر} و آن جایی که مجاهدین قصد ترور امام جمعه تهران را دارند آن ها را از این کار نهی میکند و آن را فراهم کردن زمینه برای زدن روحانیت از طرف رژیم می بیند. همواره اسلام خط قرمز او بود، زمانی که در زندان بود افراد جوان و ساده ای که جذب مجاهدین شده بودند را به سمت اسلام سوق میداد و از انحراف بیشتر آنان جلوگیری میکرد و سعی در حفظ نماد ها و شعائر اسلامی مثل نماز جماعت در زندان داشت.{اسناد ساواک} اما راز پایبندی و تقید او را باید در ارتباط تنگاتنگ که با روحانیت و حضور مستمر در جلسات مذهبی پیگیری کرد. به واسطه حضور پر رنگ او در مسجد هدایت با دبیرستان کمال آشنا می شود و از آن جا ارتباط او با محمد جواد باهنر شکل می گیرد جایی که یدالله سحابی و مهندس بازرگان هم هست ولی ارتباط او با باهنر به نحوی دیگر رقم میخورد و تا آخر عمر ادامه پیدا می کند. رمز عاقبت به خیری او را باید در پایبندی به اسلام و روحانیت جست و جو کرد. پی نوشت گروه هایی مثل مجاهدین خلق که راه خود را از اسلام جدا کردند و جز تباهی به چیزی دست نیافتند و گروه هایی که در ظاهر تقید به اسلام دارند ولی راه خود را از روحانیت جدا کردند و از اسلام ناب محمدی فاصله گرفتند؛ همچون نهضت آزادی و جریان انحرافی نمونه ای از این انحرافات هستند که شهید رجایی با توجه به ارتباطات و همکاری با اکثر گروه های ضد رژیم از این انحرافات مصون ماند و تاثیری از آنان نپذیرفت.