سید مصطفی خمینی،در تاریخ ۲۱ آذر ۱۳۰۹ش در شهر مقدس قم متولد شد. در کودکی نسبت به دیگر کودکان دیرتر زبان گشود، تا جایی که در 4 سالگی تنها چند کلمه به زبان می آورد، اما ورودش به مکتب در 6 سالگی در این زمینه بسیار موثر بود. در سن 7 سالگی به دبستان رفت، و دوران ابتدایی رادر قم سپری کرد. او در پانزده سالگی به تشویق پدر به تحصیل علوم دینی پرداخت، و در این زمینه موفقیت های چشمگیری داشت تا جایی که در 17 سالگی ، توانست دوره مقدماتی را به پایان رسانده و بعد از 2/5 سال به مرحله سطح وارد شده و معمم شود. او در 27 سالگی به درجه اجتهاد رسید، و این در حالی است که از دیدگاه اطرافیان : حتی امام (س) با تمام سختیگیری هایشان در این زمینه، ایشان در 25 سالگی به درجه اجتهاد رسیده بود.