را بررسی کرده و به رهبری گزارش دهد. با این وجود، نصیری از عدم پیگیری این مسأله به عنوان آب سردی که بر روی سرش ریخته باشند، یاد می‌کند و از این موضوع می‌توان به آغاز رویکرد انتقادی نصیری نسبت به نظام در آن دوره یاد کرد.
نصیری از خاطراتش در نشریه «صبح» این‌گونه می‌گوید: «در اواخر سال ۷۶ پس از دو اتفاق؛ یکی بی‌نتیجه بودن تلاش‌های «صبح» برای مقابله با مفاسد اقتصادی که از سال ۷۰ به این سو، هر روز ابعاد گسترده‌تری می‌یافت و نیز توجه جدی‌ام به موضوع نظری اسلام و تجدد که خلأ این بحث را در فضای فکری کشور به خصوص در حوزه‌های علمیه بسیار زیان‌بار یافتم و علاقه شخصی به پیگیری این موضوع، زمزمه تعطیلی «صبح» را با دوستانی مطرح کردم. اصرار بسیاری از علاقه‌مندان به «صبح»، همچنان عاملی برای تداوم انتشار آن بود. در همین ایام (اواخر ۷۷) در دیداری با مقام معظم رهبری پس از نماز مغرب و عشاء به من گفتند که «شنیدم شماها دارید صحبت از تعطیلی نشریه‌تان می‌کنید و من از این بابت نگران می‌شوم.
من البته نیستان را کمتر می‌بینم اما «صبح» را که در دست و بال فرزندانم هست، مرتب می‌بینم. شماها باید به کارتان ادامه بدهید.» سال ۷۷ و ۷۸ نیز «صبح» منتشر شد. در همین ایام، در دیداری دیگر و سرپایی با رهبری، ایشان ضمن تمجید از کلیت خط‌مشی «صبح» گفتند: «اما من نحوه برخورد شما با آقای هاشمی را نمی‌پسندم. احتمال دادم آقای هاشمی نزد ایشان بابت مقاله‌ها و گزارش‌های انتقادی «صبح»، از عملکرد دولت سازندگی و نیز پاره‌ای از مواضع خودش شکایت برده است.»
نصیری در ادامه، مشکلات مالی را دلیلی برای اتمام کار این نشریه عنوان کرده و در این‌باره می‌گوید: «در آغاز سال ۷۹ که مشکلات مالی، عاملی دیگر برای تصمیم به تعطیلی «صبح» شده بود، روزی سردار ذوالقدر، قائم مقام فرمانده کل سپاه پاسداران تماس گرفت و گفت به دفتر من بیا، می‌خواهم در مورد روزنامه شدن «صبح» با شما صحبت کنم.
به آقای ذوالقدر گفتم، من در حال جمع کردن بساطم هستم و دو سال هم هست که در قم زندگی می‌کنم، به درس و بحث مشغولم و دیگر انگیزه‌ای برای کار مطبوعاتی ندارم. در این جلسه از دلایل تصمیم به تعطیلی و ازجمله مشکلات مالی صحبت کردم. او درباره ضرورت ادامه فعالیت‌های مطبوعاتی مانند «صبح» برای پیشبرد اهداف انقلاب توضیحاتی داد و گفت سپاه آماده است در چارچوب وظایف فرهنگی‌اش، هزینه روزنامه شدن «صبح» را بپردازد. در همین ایام شنیدیم که تداوم کار «صبح» در قالب روزنامه، مورد خشنودی و استقبال رهبری نیز قرار گرفته است.» البته این روند به دلیل عدم توافق نصیری با سردار ذوالقدر، در نهایت به نتیجه‌ای منجر نمی‌شود و در نهایت نشریه «صبح» تعطیل می‌شود.
نصیری همچنین در سال ۱۳۸۰ تا سال ۱۳۸۴ به معاونت سیاسی شورای سیاست‌گذاری ائمه جمعه سراسر کشور منصوب شد. پس از پایان دوره فعالیت‌اش در معاونت سیاسی شورای سیاست‌گذاری ائمه جمعه، به معاونت فرهنگی دفتر رهبر جمهوری اسلامی در امارات رفت و تا سال ۱۳۸۸ در امارات ماند. مهدی نصیری پس از بازگشت به ایران، بار دیگر به قم بازگشت و در کلاس‌های درس آیت‌الله وحید خراسانی حضور پیدا کرد.
در سال‌های اخیر، نصیری به برنامه تلویزیونی با عنوان «عصر حیرت» پرداخت که در آن گفت‌وگوهای چالشی با چهره‌های سیاسی، اقتصادی و فرهنگی همچون محمود احمدی‌نژاد، محمدجواد ظریف، عزت‌الله ضرغامی، حجت‌الاسلام دعایی، علی مطهری، علیرضا علوی‌تبار، حجت‌الاسلام رفیعی، حجت‌الاسلام یونسی، لطف‌الله میثمی، حسن سبحانی، آیت‌الله علوی بروجردی، حجت‌الاسلام هادی خامنه‌ای و سیدمصطفی تاج‌زاده انجام داد.
با این وجود، نصیری در تشریح تطور فکری خود با عنوان پشیمانی یاد کرده و می‌گوید: «پشیمانی من از نوع پشیمانی همه چهره‌ها، عناصر سیاسی، مذهبی و انقلابی است که از آغاز انقلاب به این سو و به تدریج و با گذشت زمان، به دلیل فقدان دانش و تجربه کافی و نیز عدم درک جامع از مسأله حکمرانی و اقتضائات زمانه، دچار دگرگونی و تحول در نظر و عمل شدند. من همیشه مستقل‌اندیش بوده‌ام و از این‌که فرد وفادار و وابسته به یک جناح و جریان قلمداد شوم، اجتناب کرده‌ام اما در مجموع، اکنون با بسیاری از مواضع اصلاح‌طلبان در مقایسه با مواضع بسته، راکد، غیرمردمی و اقتدارطلبانه طیف گسترده‌ای از اصولگرایان، احساس هم‌دلی و هم‌فکری بیشتری دارم.»