شهادت ۷ مهر ۱۳۶۰ش هم زمان با شهادت امام جواد(ع)، سید عبدالکریم هاشمی‌نژاد در حال خروج از کلاس درس توسط یکی از منافقان با عملیات انتحاری ترور شد و به شهادت رسید. پیکر وی در «دارالزهد» حرم امام رضا(ع) به خاک سپرده شد و به مناسبت شهادت او در خراسان سه روز عزای عمومی اعلام گردید. امام خمینی پس از شهادت هاشمی‌نژاد در پیامی شخصیت وی را ستود. [۱۸]