3⃣ با شروع زمزمه‌های تغییر مواضع سازمان مجاهدین خلق از سوی تقی شهرام و بهرام آرام، لاهوتی به گروه مذهبی‌های سازمان نزدیک شد و در دیدارهایی با وحید افراخته و بهرام آرام انتقادات شدیدی به تغییر ایدئولوژی وارد کرد. این مسئله خشم مارکسیست‌های سازمان را در پی داشت؛ به گونه‌ای که نام او به عنوان مهم‌ترین روحانی حامی بخش مذهی سازمان در فهرست ترور قرار گرفت. از سوی دیگر لاهوتی نیز کوشید تا با ایجاد گروه مسلحی، به مقابله با تقی شهرام و بهرام آرام بپردازد. البته آیت‌الله محمدرضا مهدوی کنی روایت دیگری از این ارتباط دارد که به نظر مقرون به واقع‌تر می‌رسید.