سيّد بدن شريف را از ميان لحد بيرون آورد و بر روي زانوي خود نهاد و سه روز بدين گونه بالاي زانو خود نگه داشت و گريه مي‌كرد تا اينكه قبر را تعمير كردند. وقت نماز كه مي شد سيّد بدن حضرت را بالاي جايي پاكيزه مي‌گذاشت. پس از فراغ از نماز برمي‌داشت و بر زانو مي‌نهاد، تا اينكه از تعمير قبر و لحد فارغ شدند، سيد بدن را دفن كرد. و از معجزه آن حضرت اين كه سيّد در اين سه روز احتياج به غذا و آب و تجديد وضو پيدا نكرد و چون خواست بدن را دفن كند دعا كرد كه خداوند پسري به او عطا فرمايد. دعاي سيّد به اجابت رسيد و در سن پيري خداوند پسري به او لطف فرمود که نام او را "سيّد مصطفي" گذاشت. آنگاه والي واقعه را به سلطان عبدالحميد عثماني نوشت؛ او هم توليت زينبيّه و مرقد شريف حضرت رقيّه و امّ كلثوم و سكينه را به سيد ابراهيم واگذار کرد. اين قضيه در سال 1242 هجري شمسي رخ داده و در کتاب «معالي» هم اين قضيّه مجملاً نقل شده و در آخر اضافه کرده است: «فَنزلَ في قبرها و وَضع عليها ثوباً لفَّها فيه و أخْرجها، فإذا هي بنتٌ صغيرةٌ دُونَ البُلوغِ و كانَ متْنُها مجروحةً مِنْ كثرةِ الضَّرب» « آن سيّد جليل وارد قبر شد و پارچه اي بر او پيچيد و او را خارج نمود، دختر كوچكي بود كه هنوز به سن بلوغ نرسيده، و پشت شريفش از زيادي ضربات مجروح بود.» پس از درگذشت سيّد ابراهيم، توليت آن مشاهد مشرفه به پسرش سيّد مصطفي و بعد از او به فرزندش سيّد عبّاس رسيد.