کنار ر امام خمینی کرد. اقدامات اجتماعی و فرهنگی او در این دوره به مرور جایگاه ایدئولوژیک، مدیریتی و اجرایی او نزد رهبر فقید انقلاب اسلامی را نمایانتر از قبل کرد.
مشهودترین این اقدامات سازماندهی قیام 15 خرداد 1342 در تهران بود. اگر چه سخنرانی مهیج استاد علیه شخص محمدرضا شاه پهلوی در ساعت 1 بامداد چهارشنبه 15 خرداد 1342 انجام شد اما این ساعت مانع بازداشت و زندانی شدن 43 روزه استاد توسط شهربانی تهران نبود. اما او و دیگر بازداشتشدگان یک ماه و نیم بعد و در اواخر تیر 1342 به دلیل اعتراض علمای تهران و مهاجرت جمع دیگری از روحانیون به تهران و فشار افکار عمومی بر رژیم، آزاد شدند.
استاد مطهری پس از آزادی از زندان به دایره سخنرانیهایش افزود. سخنرانی دردانشگاه تهران، انجمن اسلامی دانشجویان، انجمن اسلامی پزشکان و مساجد هدایت جمهوری و مسجد جامع نارمک از محلهای ثابت سخنرانی های استاد بود. استاد مطهری همراه جمعی دیگر، حسینیه ارشاد تهران را در سال 1346 تاسیس کرد و 6 سال بعد به دلیل برخی اختلاف نظرها با برخی از اعضای هیات مدیره آن، از عضویت در آن استعفاء داد.
او پس از تشکیل هیات های مؤتلفه اسلامی به نمایندگی از امام خمینی به همراه چند روحانی دیگر عهدهدار مدیریت و رهبری این هیاتها شد. نفوذ و شناخت او در کادر رهبری هیاتهای موتلفه اسلامی بارز بود. پس از ترور حسنعلی منصور نخست وزیر محمدرضا شاه، ضارب به اسم محمد بخارایی دستگیر و بازجویی و به شهادت رسید. او عضو گروه فداییان اسلام و از شاگردان استاد مطهری (یکی از کادرهای رهبری هیاتهای مؤتلفه اسلامی) بود. استاد مطهری بر همین اساس بازداشت شد اما قاضی پرونده ایشان که مدتی دانشجوی استاد در قم بود از زندان و اعدام نجات یافتند.
پس از تبعید امام خمینی (ره) در 13 آبان 1343 به ترکیه، مسؤولیت استاد مطهری سنگینتر شد. رژیم پهلوی به بهانه صدور اعلامیهای مشترک به امضای آیات عظام علامه محمدحسین طباطبایی، شیخ سید ابوالفضل مجتهد زنجانی و دکتر مرتضی مطهری در سال 1348 برای حمایت از آوارگان فلسطینی و جمعآوری کمکهای نقدی و غیرنقدی و قرائت این اعلامیه در مراسم رسمی حسینیه ارشاد، استاد را دستگیر و مدتی در زندان انفرادی محبوس کرد.
با استمرار فعالیتهای فرهنگی – سیاسی دکتر مطهری در سالهای 1349 تا 1354 در مراکز مذهبی معروف تهران از جمله مسجدالجواد میدان هفت تیر، حسینیه ارشاد و مسجد جاوید، وی توسط ساواک تعطیل و ایشان بار دیگر دستگیر و مدتی زندانی شد.
رژیم پهلوی که تحمل روشنگریها و تئوریزه کردن شریعت اسلام را نداشت استاد را از همان سالِ دستگیری در سال 1354 تا پایان عمر رژیم پهلوی ممنوعالمنبر کرد.
*زایش ایدئولوژی*
تبیین ایدئولوژی اسلامی و مانیفست دینی نظام جمهوری اسلامی توسط استاد مطهری منحصر به فردترین اقدام و ارثیه ایشان بود. ایشان این جهان بینی را از طریق سخنرانیها، تدریس در مساجد و دانشگاهها و نوشتن کتابهای فراوان به یادگار گذاشت. اهمیت تبیین ایدئولوژی جمهوری اسلامی زمانی مضاعف شد که گروهکهای التقاطی و تندرو و انحرافی، به دلیل افزایش تبلیغات گروههای چپ در دانشگاهها و محیط های پر تردد جوانان در سالهای 1351 تا 1357 بیشتر شد.
استاد به خطر فکری و التقاطی سازمان مجاهدین خلق (یا همان گروهک تروریستی و خونریز منافقین) پی برد و تلاش زیاد کرد تا مردم و مسوولان در دام این سازمان تروریستی نیفتند. ایشان شاگرد باهوش و سیاس امام خمینی بودند و به خوبی توانست پی به ماهیت ناپایدار و غیرقابل اعتماد ایدئولوژی فکری فرقه تروریستی منافقین ببرد.
به دلیل نیاز شدید حوزه علمیه قم به علوم جدید و قرائتهای نوین از فقه شیعه، امام خمینی در سال 1355 از استاد مطهری خواست تا هفتهای دو روز به شهر قم سفر کند و طلاب و فضلای حوزه علمیه قم را با مسائل سیاسی روز و قرائت جدید از فقه اسلامی آشنا کند.
استاد مطهری در سال 1355 به دلیل شدت گرفتن اختلافات فکری با امیرحسین آریانپور (استاد کمونیست دانشکده الهیات دانشگاه تهران و عضو حزب توده)، خودش را زودتر از موعد مقرر از دانشکده بازنشسته کرد. او معتقد بود نباید یک مارکسیست در دانشکده الهیات تدریس کند اما به دلیل حمایت رژیم از مارکسیستها ایشان ناچار به استعفا شد.
پس از شکست موقتی قیام 15 خرداد 1342 که علت آن فقدان وجود تشکیلات منسجم بود ایشان به فکر آسیب شناسی این قیام افتاد. امام در سال 1356 با حمایت از استاد مطهری، *نخستین هسته جامعه روحانیت* را شکل داد و اساسنامه آن در سال 1357 نوشته شد.
*برنامهریزی برای انجام راهپیماییها، سخنرانی در مساجد، تهیه شعارها و هماهنگی و سازماندهی مبارزه ضد رژیم وابسته پهلوی عمدتا بر عهده جامعه روحانیت مبارز بود.*
*ارتباط در تبعید*
ارتباط استاد مطهری با امام (ره) در دوران تبعید از طریق یک واسطه انجام میشد اما این ارتباط از سال 1355 با سفر او به نجف اشرف به