فضای اجرایی پژوهشی از سال 78 در حوزه ایجاد شد و در این سالها فعالیت های خوبی از جمله تشکیل انجمن های علمی و همایش کتاب سال و... را انجام داده است. در سالهای اخیر و پس از شکل گیری معاونت پژوهش در ستاد، واحدهای پژوهش در مدارس شکل گرفت، ولی ترسیم امروز فعالیت های پژوهشی در مدارس دارای چند اشکال است. نکته اول، پژوهش ها به مسایل ساختاری توجه بیشتری می کنند و نسبت به عرصه های محتوایی غفلت دارند؛ در همان عرصه های محتوایی نیز نگاه کاملی به مباحث بومی خود از جمله منطق و اصول نداریم. مشکل و آسیب بعدی در خصوص بی انگیزگی در برخی طلاب در عرصه پژوهش است که یکی از علل آن، تفکیک و جداسازی آموزش، از پژوهش است؛ وقتی وقت طلاب را به شکل کامل در مدارس در عرصه آموزشی پر می کنیم وقتی برای پژوهش باقی نمی ماند؛ هنوز کار جدی در عرصه آموزش پژوهش محور انجام نشده است، کما اینکه هنوز تصور دقیق اجرایی نیز در این زمینه وجود ندارد. مشکل اساسی برنامه های پژوهش محور، نگاه کاملی به آموزش پژوهش محور ندارند؛ تا زمانی که اساتید ما، در فضای پژوهشی قرار نگیرند قطعا نمی توانیم منتظر جوشش طلاب باشیم و این مساله چاره ای جز فعال کردن اساتید ندارد.گاهی اوقات برنامه هایی انجام می شود که از جمله آنها می توان به آیین نامه اخیر به مدارس اشاره کرد، ولی پیش از ارایه این آیین نامه باید این طرح ها را به شکل گلخانه ای در برخی مدارس محدود اجرا کرد و به شکل کارشناسی، آنها را بررسی کنیم. نکته دیگر، ناظر به بحث پژوهش گروهی است؛ پس از شکل گیری معاونت پژوهش در حوزه، اولین هدف آن، توسعه پژوهش های گروهی مطرح شد ولی هیچ کار خاصی در این زمینه انجام نشده است. تا زمانی که گروه های کوچک پژوهشی ایجاد نشود نمی توانیم به چشم اندازها و گام های بالاتر نگاه دقیق داشته باشیم؛ هنوز تصویر دقیقی از پژوهش های گروهی وجود ندارد و به همین دلیل برخی به دنبال نفی این عرصه رفته اند. نکته دیگر، تمرکز بیش از حد حوزه روی پژوهش در عرصه فقه و اصول است که باید به عرصه هایی چون کلام و اخلاق و ادبیات و... توجه کنیم. پایان نامه نویسی سطح چهار، مرز تولید علمی و خروجی علمی حوزه است که این پژوهش ها باید ناظر به مسایل حل نشده کشور باشد.