دانشگاه علوم و معارف قرآن مجلاتی تاسیس کرده و بنا دارد که پس از انتشار دو شماره مجلات خود را جهت اخذ امتیاز به وزارت علوم ارسال نماید این عبارتنداز: دوفصلنامه پژوهشنامه نقد آراء تفسیری http://naghdeara.quran.ac.ir/ دوفصلنامه مطالعات تطبیقی قرآن پژوهی http://www.olomquran.ir/ دوفصلنامه شبهه پژوهی مطالعات قرآنی http://shobhe.quran.ac.ir/ دوفصلنامه سبک شناختی قرآن کریم http://style.quran.ac.ir/ دوفصلنامه پژوهشنامه تاویلات قرآنی http://tavil.quran.ac.ir/ فصلنامه قرآن، فرهنگ و تمدن اسلامی http://qcc.quran.ac.ir/ فصلنامه تحقیقات کاربردی در حوزه قرآن و حدیث http://arq.quran.ac.ir/ مجلات فوق الذکر درصدد گرفتن امتیاز از وزارت علوم هستند لذا از علاقه مندان دعوت می شود که مقالات خود را به سامانه مجلات ارسال کنند.