حضرت آیت الله بهجت قدس سره استغفار را در مواردی چون:رفع آثار وضعی گناه، نفی خواطر، رفع کینه، ادای قرض، برطرف شدن مشکلات و گرفتاری های زندگی، تحمل مصائب زندگی، شفای بیماران، ایجاد علاقه بین زن و شوهر، از بین رفتن علاقه به لغویات، برطرف شدن مرگ های ناگهانی سفارش می کردند و می فرمودند:
«استغفار هم رافع است هم دافع»؛ یعنی هم رفع کنندۀ مشکلات است و هم سبب می شود مشکلات پیش نیاید. (بهجت الدعاء، ص ٣54)