ورود و حضور غیرقانونی گروه وسیعی از افغان‌ها در ایران پیامدهای بسیاری در حوزه اقتصادی، فرهنگی، سیاسی و امنیتی ایجاد کرده است ازدواج، کار و تحصیل آنها به صورت غیرقانونی انجام می‌شود. افراد هنجارشکن در هر گروه و طبقه‌ای وجود دارد. مهاجران افغانستانی نیز از این امر مستثنی نیستند همچنین برخی از مهاجران افغانستانی جهت امرار معاش دست به مشاغل غیرقانونی می‌زنند. دست‌فروشی، دوره‌گردی، خرید و فروش البسه دست دوم، فروش سی‌دی‌های غیرمجاز و حتی دخالت در امر قاچاق مواد مخدر از جمله این مشاغل غیرقانونی است.مهاجران افغان که به صورت غیرقانونی در ایران ساکن هستند، ناگزیرند کارهای دشوار را با دستمزدهایی نسبتاً پایین انجام دهند، آنها نمی‌توانند از شرایط بد یا ساعات طولانی کار شکایت کنند، از این رو بسیاری از کارفرمایان ترجیح می‌دهند که به جای کارگران ایرانی، افغانستانی‌ها را استخدام کنند. یکی از مهمترین چالش‌هایی که حضور غیرقانونی افغان‌ستانی ها به دنبال داشته، این است که آنها اغلب به ازدواج با زنان ایرانی اقدام کرده‌اند. محرومیت از تحصیل و عدم بهره‌مند شدن از بسیاری از حقوق اولیه از جمله حقوق اقتصادی، آموزشی، فرهنگی و سیاسی زنان ایرانی و فرزندان آنها نتیجه عدم رعایت قوانین در انجام چنین ازدواج‌هایی است و این مسئله نه تنها آینده فرزندان را تهدید می‌کند بلکه برای کشور نیز آسیب‌های جدی به دنبال دارد، حال چه در ایران ساکن باشند و چه در افغانستان برخی از تبعات منفی حضور غیرقانونی افغان‌ها ناشی از سبک زندگی متفاوت خانواده‌های افغانستانی و ایرانی است. به عنوان مثال سن ازدواج در بین جوانان ایرانی بالا رفته، خانواده‌ها اغلب تمایل به داشتن یک یا دو فرزند دارند و علاوه بر اینها آمار طلاق در بین خانواده‌های ایرانی بالاست. در مقابل اغلب افغان‌ستانی‌ها به ارزش‌های خانواده‌های مهاجر افغان، شاهد ازدواج‌های زودهنگام دختران و پسران، گرایش به داشتن فرزندان بیشتر و منفی دانستن پدیده طلاق هستیم و در صورتی که روند حضور غیرقانونی مهاجران افغان کنترل نشود، ممکن است در سال‌های آینده در ترکیب جمعیتی کشور مؤثر شود. حقوق بشر به دلایل مهاجرت توجه ندارد نهادهای حقوق بشر غربی بدون توجه به سابقه طولانی حضور افغان‌ها در ایران و بدون در نظر گرفتن شرایط اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی این کشور در گزارش‌های حقوق بشری چنین ادعایی را مطرح می‌کنند. آنها مسئله عدم تابعیت کودکان را از موارد نقض حقوق بشر توسط ایران دانسته و بدون کوچکترین اشاره به اینکه مسبب اصلی این امر ایالات متحده و اشغال نظامی افغانستان توسط آمریکا بوده است، ایران را متهم به نقض حقوق کودکان و زنان کرده‌اند. علاوه بر گزارش‌های حقوق بشری، در اغلب متون غربی نیز ایران را به نژادپرستی و پاکسازی قومی متهم کرده‌اند گفته می‌شود در حال حاضر تقریباً یک و نیم میلیون نفر در کشور به صورت غیرقانونی ساکن هستند. اگر به این تعداد، مهاجران قانونی و مهاجران افغان ساکن در پاکستان را هم اضافه کنیم تعداد قابل توجهی خواهند بود  در هر حال مسئله حضور غیرقانونی افغان‌ستانی‌ها موضوعی است که حل آن نیازمند همکاری دولت ایران و افغانستان و همچنین سازمان‌های غیردولتی است و باید با رعایت حسن همجواری در بازگشت افغان‌ها به کشورشان تلاش کرد.