استاد مطهری بنا به توصیه حضرت امام خمینی از سال ۱۳۵۱ ش تا ۱۳۵۷، هفته‌ای دو روز به قم می‌رفتند و در حوزه علمیه، دروس مهمی مانند شناخت، اصل غائیت، فلسفه هگل، معارف قرآن، مارکس و مارکسیسم، «منظومه»، «نجات» و «اسفار» تدریس می‌کردند.
استاد به حکم وظیفه شرعی از تهران به قم می‌رفتند تا تدریس کنند در حالی که در تهران، استادان با سابقه دانشگاه، با تقاضای بسیار در کلاس درس ایشان شرکت می‌کردند.
در سال ۱۳۳۳ ش استاد مطهری تدریس در دانشگاه تهران را شروع کرد. استاد در دانشکده معقول و منقول (الهیات و معارف اسلامی) آن دانشگاه بیش از بیست سال به مبارزه عالمانه با جهل، مادی‌گری و غربزدگی پرداخت.
رفتار ایشان با دانشجو به قدری صمیمی بود که دانشجو به استاد عشق می‌ورزید و مرید او بود.
استاد مطهری در آن دانشکده، دوره‌های لیسانس و دکترا، کلیات علوم اسلامی (منطق، فلسفه، کلام، عرفان، اصول فقه، فقه و حکمت عملی)، فلسفه (شرح منظومه، الهیات شفا، مقاصد الفلاسفه غزالی و ...)، تاریخ فلسفه، تاریخ مجادلات اسلامی و روابط فلسفه و عرفان را تدریس می‌کرد