هدایت شده از سفیر
از این رو، تلاطمات موجود در روابط وی با نهادهای حاکمیتی در دوران رهبری آیت‌الله خامنه‌ای، در قالب مشاجرات جناح‌های سیاسی درون نظام قابل تعریف می‌باشد. از او موضع مخالف آشکاری علیه نظام اسلامی و رهبری آیت‌الله خامنه‌ای دیده نشده است، با این حال او از اصرارکنندگان بر نقش نظارتی خبرگان بر رهبری و منتقدان همیشگی عملکرد شورای نگهبان، به‌ویژه در امر تعیین صلاحیت خبرگان رهبری به شمار می‌آید که برابر با دیدگاه‌های روحانیون اصلاح‌طلب است:
«تأیید صلاحیت خبرگان توسط شورای نگهبان مصوبه‌ی خود خبرگان است، ما آن وقت در دوره‌ی سوم پیشنهاد دادیم كه این برداشته بشود، دوباره برگردد به روال سابق [که از سوی اکثریت پذیرفته نشد.] راجع به نظارت [هم]، در خبرگان اول یك ذره بود در دوره سوم این یك ذره را هم برداشتند. من خودم این را در خبرگان مطرح كردم و گفتم در مجلس خبرگان بعضی‌ها هستند نظارت را قبول ندارند در سخنرانی‌ها رسماً آمدند، گفتند. من می‌گفتم خبرگان مسئول نظارت بر رهبری است، مسئول نظارت بر رهبری یعنی چه؟ یعنی شخص رهبر، خب آن یك بخش، بخش دیگر نهادهای وابسته به رهبری است كه بالاخره از جهت سیاسی، اقتصادی، مالی، نظامی، انتظامی، رهبری قدرتی است.»
6- موسوی خوئینی، سیدمحمد
موسوی خوئینی در سال ۱۳۲۰ در قزوین متولد شد. از سال ۱۳۴۰ تحصیلات عالی حوزوی را در قم آغاز کرد و هم‌زمان با شروع نهضت امام، وارد مبارزه شد. او هم در ایران و هم در نجف، فعالیت‌های مبارزاتی خود را دنبال می‌کرد و در این مسیر، متحمل تضییقات نیروهای امنیتی رژیم پهلوی شد. با پیروزی انقلاب، هم در کسوت نمایندگی مردم تهران در مجلس و هم در مجموعه‌های قضایی کشور، به کنش‌گری سیاسی خود ادامه داد. شهرت او از ابتدای انقلاب، با نمایندگی امام در جمع دانشجویان پیرو خط امام و لانه جاسوسی آمریکا رقم خورد و اواخر دهه را با مسئولیت در امور حج و زیارت به پایان رساند.
با رحلت امام، روابط موسوی خوئینی و آیت‌الله خامنه‌ای، در قالب مناسبات جناح چپ و مجمع روحانیون با رهبری تعریف می‌شود. رهبری جدید انقلاب، برای جلب نظر نیروهای این جناح و جلوگیری از انزوای آن‌ها، موسوی خوئینی را بلافاصله در آذرماه ۶۸ به عنوان مشاور سیاسی خود برگزید. این در حالی بود که سه ماه قبل، وی به عنوان یکی از اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام از سوی آیت‌الله خامنه‌ای تعیین شده بود. این انتصاب، در دوره بعدی مجمع نیز تکرار شد و در سال ۷۱ هم آقای خوئینی در زمره اعضای منتخب مجمع از سوی آقای خامنه‌ای قرار گرفت. با این حال، این آخرین منصبی بود که سیدمحمد موسوی خوئینی از رهبری انقلاب پذیرفت که در سال ۷۵ به پایان رسید. به‌مرور، روابط او با حاکمیت دچار اختلال شد و سمت مشاورت سیاسی رهبری را نیز ترک کرد.
موسوی خوئینی، هم‌زمان از سال ۱۳۶۸، از سوی مرحوم هاشمی رفسنجانی به ریاست مرکز تازه تأسیس شده تحقیقات استراتژیک، که ذیل مجموعه ریاست‌جمهوری قرار داشت انتخاب شد. با آغاز ادبار سیاسی جناح چپ از انتخابات مجلس دوم خبرگان و رد صلاحیت جمع قابل توجهی از نامزدهای این جناح و شکست آن‌ها در انتخابات مجلس چهارم، خوئینی از ادامه فعالیت‌های عادی سیاسی ناامید شد. او در سال ۷۱ از مرکز تحقیقات استعفا داد و در سال ۷۵ هم با اتمام دوره عضویت در مجمع تشخیص، برای همیشه از نهادهای حاکمیتی کناره گرفت. سال ۱۳۷۶، سیدمحمد خاتمی، کاندیدای مطلوب آقای خوئینی و جناح چپ به ریاست‌جمهوری برگزیده شد. مهم‌ترین ظهور و بروز وی در این ایام، فعالیت ژورنالیستی از طریق روزنامه سلام (تأسیس‌شده از سال ۱۳۶۹) بود که با توقیف آن در تیر ۱۳۷۸، واپسین کنش سیاسی مشهود آقای خوئینی هم پایان یافت.
او در سال‌های بعد، در چهارچوب مجمع روحانیون مبارز (در جایگاه دبیرکلی از سال ۸۴) به فعالیت‌های خود ادامه داده است و از رهبران و سیاستگذاران جناح چپ به شمار می‌آید. وی در حوادث سال ۸۸، از حامیان میرحسین موسوی و منتقدان حصر و برخورد با او بوده است. با این همه، در سال ۱۳۹۷، و در جریان گفتگویی پیرامون عملکرد سیاسی حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی، با اشاره به واقعه انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری اعلام کرد که «بهترین کار، همان بود که آن روز اتفاق افتاد. رهبری شورایی که اصلاً از نظر من مردود و ناکارآمد بود. اما در رهبری فردی هم، در آن روز و روزگار در آن جمعی که فعال بودند، مناسب‌تر از آقای خامنه‌ای نداشتیم». آیا این جملات، نشانه پشیمانی آقای موسوی خوئینی از رأی منفی خود به رهبری آقای خامنه‌ای است؟ در هر صورت، علی‌رغم همه تفاوت نظرات گسترده و عمیق سیاسی، اعلام مخالفت صریحی از سوی وی تاکنون، درباره رهبری آقای خامنه‌ای ابراز نشده است.