در تاریخ ۱۰ رمضان ۱۴۰۲ هجری قمری و روز جمعه یازدهم تیرماه ۱۳۶۱ هجری شمسی یکی از اعضای سازمان مجاهدین خلق به نام رضا ابراهیم‌زاده، در عملیاتی انتحاری، پس از اقامه نماز جمعه به او نزدیک شد و پس از دست دادن او را در آغوش گرفت. قبل از هر اقدامی در یک لحظه کمربند انتحاری نارنجکهای همراه فرد انتحاری (ابراهیم‌زاده) که به دور کمر خود بسته بود، منفجر شد. صدوقی و فرد مهاجم در دم کشته شدند و یکی از محافظان حلقه یک او به نام احمدرضا سلطانی از ناحیه کمر به پایین به دلیل اصابت ترکش زخمی شد و بعد از آن نیز چهار نفر از بانوان بر اثر ازدحام جمعیت درگذشتند. پیکرش در مسجد حظیره (روضه محمدیه) یزد دفن گردید.[۵][۶]
در جریان پیامدهای اعلام نتایج انتخابات ریاست جمهوری ایران (۱۳۸۸) درب منزل وی به آتش کشیده شد که این اتفاق توسط گروه‌های اصلاح طلب و اصول‌گرا محکوم شد و همگی خواهان شناسایی عوامل این ماجرا شدند