مي‌ديد همه در تب و تاب تلاش براي ياري به ارکان و نهاد هاي انقلابند، اما با دقت که می نگریست مي‌ديد هركس به ظن خود يار و ياور امام شده است و تعدادی نیز براي حركت كاروان انقلاب، نظري خام واز روي عقيده ي شخصي مي‌دهند. در ماجراي تدوين قانون اساسي كه بنا بود شالوده نظام پي ريزي شود بسياري را تست زد و با افكار بيشتري آشنا شد. مي‌ديد گروهي از روي سادگي مي‌گويند قانون اساسي ما همان قرآن است و لزومي به تدوين قانون ديگري نيست. عده اي نيز منفعل شده قانون كشورهاي ديگر را ـ كه بويي از اسلام نبرده‌اند ـ رو مي‌كنند و در اين ميان نيز متاسفانه عده اي هستند كه با مكر و حيله به دنبال تغيير جهت گيري هاي حاكم در قانون اساسي از اسلام ناب هستند. اينچنين بود كه با توصيه حضرت امام كمر همت بست و با ارائه پيش نويسي وارد مجلس خبرگان قانون اساسي شد.
او در صحن مجلس - كه به ميدان نبرد اندیشه ها مي‌مانست ـ با توكل و توسل وارد مي‌شد و سعي فراوان داشت تابه كمك همراهان خود، اصول قانون اساسي را به سمتي رهنمون سازد كه اصل حركت انقلاب بر آن اساس آغاز شده بود. از این رو، همه دانسته هاي خود درباره حيات اجتماعي اسلام را در پيش نويس قانون اساسي خود پياده كرد و در نهايت توانست اندیشه های نابی را وارد قانون اساسي جمهوري اسلامي كند.
پس از آن نيز سعي كرد انديشه هاي عميقش را با برخی مسئولين و دولتمردان نظام در ميان بگذارد؛ اما احساس كرد كه هر چه بيشتر مي‌گويد كمتر نتيجه مي‌گيرد. متوجه شد كه بسياري از آنان خود را موظف به كارهاي اجرايي مي‌دانند و از اين رو كسي بايد بنشيند و به تئوري پردازي در کارآمدی دین و دستيابي به سازوكار اجرايي كردن مفاهيم متعالي دين در ساختار حكومت بپردازد. در آن زمان كمتر كسي به ژرفاي گفته هاي او نزديك مي‌شد و فقط تعداد معدودي حرف هاي او را تصديق مي‌كردند. اما چه باك كه بسياري از مردان تاريخ ساز، سرنوشتي اينچنين داشتند.
آن گاه كه بحث انقلاب فرهنگي از سوي حضرت امام (رض) مطرح شد، مرحوم حسيني دريافت كه مي‌تواند ايده هاي خود را در راستاي چنين رهنمودي دنبال كند. خود مي‌گويد: «ما بعد از اينكه امام در اين باره هم راهگشايي كردند، احساس آزادي كرديم و به اين نتيجه رسيديم كه حالا ديگر نوبت ماست.» (کتاب خاطرات، ص۲۷۳) اين تصميم بعد از آنكه تاكيدات مكرر امام را در اين باره ديد و در موردي نيز درخواست ايشان از متفكرين جوان حوزه در به ثمر رساندن انقلاب فرهنگي را به گوش جان شنيد، مستحكم تر شد: «حضرت امام (رضوان الله تعالي عليه) نگاهي به جمع و به سمتي كه بنده نشسته بودم كردند و براي اولين و آخرين بار، برق اشكي را ديدم كه در چشم امام چرخيد، ايشان فرمودند متفكرين جوان حوزه در اين انديشه باشند كه انقلاب فرهنگي به نتيجه برسد تا ما بتوانيم راه پياده كردن اسلام را به دست بياوريم. ما يا به نسخه غرب مبتلا هستيم يا شرق... اگر شما را از در بيرون كردند، از پنجره وارد شويد!» (کتاب خاطرات،ص۲۶۶) بر اين اساس به كمك تني چند از علما و فضلاي حوزه و دانشگاه به تاسيس دفتر فرهنگستان علوم اسلامي در قم اقدام كرد و از آن پس تا پايان عمر خود به پژوهش در چگونگي پياده كردن اسلام در عمل و عينيت پرداخت.
در آخرين ماه هاي عمر شريف خود در مصاحبه اي دستاورد ۲۰ ساله دفتر فرهنگستان علوم اسلامي را چنين بيان مي‌كند: «بحمدالله موفق شده ايم فونداسيون سه شهر بزرگ علمي [یعنی نرم افزارهاي سه گانه در حوزه، دانشگاه و نظام اجرا] را در مسير تحولات علم و دانش پي ريزي كنيم كه نقشه اين بنا نيز الان موجود است. طبعاً اگر اين بنا ساخته نشود مسلمانان در ساختمان بيگانه زندگي خواهند كرد. از اين رو من فكر مي‌كنم به بيش از آنچه كه ۲۰ سال پيش در تصور ما بود دست يافته ايم. اگر شما روند رشد و تحول علمي غرب را بنگريد مي‌بينيد كه دستيابي ايشان به فلسفه «شدن» موردنظرشان، در يك زمان خاص بود ولي زمان دستيابي آنها به قدرت محاسبه كمي در زمان ديگري بود! يعني آنچه هگل در فلسفه «شدن» مطرح كرد همراه با محاسبه و رياضيات خاص نبود ولي فلسفه «شدن» انيشتين توانست «معادله» را نيز تحويل دهد. البته ما اكنون مدعي رسيدن به مرحله دوم هستيم و حاضريم آن را در ساختن مدل به كار بگيريم.» (کتاب ضرورت مهندسي، ص ۸۳)
محصول اصلي انديشه سید منیر دستيابي به «فلسفه نظام ولايت» است كه در كنار فلسفه چرايي و چيستي حوزه های علمیه، نقش فلسفه شدن اسلامي را بازي مي‌كند و توان پيش بيني هدايت و كنترل عينيت را براساس اصول و قدرمتيقن هاي مذهب راستین شیعه داراست.
سيدمنيرالدين حسيني الهاشمي در صبحگاه روز جمعه ۱۲ اسفند ۷۹ به جهان باقي شتافت و دانش ها و معارف نهفته در فرهنگستان علوم اسلامي را براي شاگردانش به ارث گذاشت. اينك شاگردان اويند كه بايد با سكانداري آیت الله سيدمحمد مهدي ميرباقري در تشريح و تنقيح محصولات پژوهشي اين دفتر همت كنند و ان شاءالله با