(۲۱) آقا سيد علي، دوباره به مشهد باز مي‌گردند و جلسات درس خود را پر رونق تر از پيش برگزار مي‌كنند. روز ۱۴ فروردين ۴۶ آقا سيد علي براي چندمين بار در مشهد دستگير و زنداني مي‌شوند. اين بار زندان ايشان حدود چهار ماه طول مي‌كشد. پس از آزادي، در مشهد اقامت مي‌كنند و به كارهاي ديني و علمي، بخصوص تشكيل كلاسهاي درس تفسير قرآن كريم مي‌پردازند، و ضمن آن، به سازماندهي طلاب مشغول مي‌شوند. در زلزله ويرانگر منطقه «فردوس »، «كاخك » و «گناباد» كه خرابي و تلفات زيادي به بارآورد، ايشان با تعدادي از روحانيون، طلاب و بازاريان به آن سامان رفته و به طور چشمگيري اوضاع را مرتب كردند. ايشان همراه با آقايان «طبسي » و «هاشمي نژاد» و هفتاد تا هشتاد نفر با ده تا پانزده دستگاه ماشين، به منطقه زلزله زده مي‌روند و وقتي آقاي «حاج شيخ علي اصغر مرواريد» با عده اي ديگر از تهران مي‌رسند و مي‌بينند كه كارها تا اين حد مرتب شده است، از شوق گريه مي‌كنند. جالب است كه در منطقه زلزله زده، مردم آيت الله خامنه اي را با امام اشتباه گرفته بودند و ده تا پانزده روز ايشان را با اسم امام خميني (قدس سره) صدا مي‌زدند، و گروهي از روستاهاي اطراف آمده بودند تا امام را ببينند! بالاخره نام آيت الله خامنه اي جا مي‌افتد و مردم ايشان را مي‌شناسند. اين حركت، موجب ترس و وحشت رژيم شد و از واحد ژاندارمري و شهرباني منطقه خواستند تا آقا و همراهانشان را از آن جا اخراج كنند. آقا به همراهان مي‌فرمايند: «نبايد ترسيد، ما براي كمك به مردم آمده ايم و همه امكانات مردم در دست ماست، آنها نمي توانند كاري بكنند. » همين طور هم مي‌شود. ماموران اعزامي طاغوت نتوانستند كاري از پيش ببرند و بازگشتند، و آقا و همراهان به كارشان ادامه دادند. (۲۲) ساواك بيشتر از پيش، نسبت به ايشان حساس شد و بارها درس تفسير ايشان را تعطيل كرد. در سال ۴۶ دوباره ايشان در قم دستگير شدند، ولي همان روز آزاد شدند. فعاليتهاي گروه‌هاي مسلمان و روحانيون انقلابي، باعث حساسيت بيشتر رژيم شاه شده و بر سختگيري و شدت عمل آنان افزوده گرديد. حجت الاسلام «سيد محمد رضا سعيدي » پس از سالها مبارزه، به دست عوامل رژيم شاه به شهادت مي‌رسد و آيت الله خامنه اي كه با ايشان همرزم بودند، در برگزاري مراسم و بزرگداشت ايشان، تلاش زيادي مي‌كنند. در سال ۴۹ پس از فوت مرحوم «آيت الله حكيم »، در ارتباط با تبليغ خط امام و مرجعيت، ايشان دستگير شدند و مدت بيش از چهار ماه در زندان مي‌شوند. پس از آزادي دوباره به فعاليت مي‌پردازند. از جمله در تهران، در انجمن اسلامي مهندسين در محرم سال ۴۹ شبهاي تاسوعا و عاشورا درباره حديث «من راي سلطانا جائرا... » سخنراني بسيار پرشور و حماسه اي مي‌كنند كه همه را تحت تاثير قرار مي‌دهند. (۲۳) پس از آن، گروه‌هاي مسلح زيرزميني، با ايشان تماس گرفته و در ارتباط با همين گروه‌هاي مسلح، در سال ۱۳۵۰ پس از عمليات انفجار دكلهاي برق هنگام برپايي جشنهاي دو هزار و پانصدمين سال ستمشاهي، ايشان دستگير و اين بار تحت شكنجه‌هاي شديد قرار مي‌گيرند و در سلولي تاريك و نمور و بدون هيچ گونه روشنايي زنداني مي‌شوند. به رغم فشارهاي زياد، با مقاومت دليرانه اين روحاني شجاع و آزاده روبه رو مي‌شوند و نمي توانند از او چيزي به دست آورند، و بناچار پس از پنجاه و چند روز (حدود دو ماه) ايشان را آزاد مي‌كنند. ايشان پس از آزادي، دوباره به فعاليت مشغول مي‌شوند. اين بار مسجد امام حسن عليه السلام كه آن موقع مسجد كوچكي بود، به پايگاه‌ها اضافه مي‌شود و آيت الله العظمي خامنه اي در آن به اصرار عده اي از علاقه مندان به اقامه جماعت و درس تفسير مي‌پردازند. و بدين ترتيب علاوه بر ارتباطهاي مخفي و محدود، ارتباط مستقيم شبانه روزي از طريق مسجد با توده‌هاي مردم نيز اضافه مي‌شود. پس از مدتي، از ايشان براي امامت جماعت مسجد «كرامت » نزديك «باغ نادري » مشهد كه يكي از شلوغترين و حساسترين نقاط اين شهر است، دعوت مي‌شود، كه به دليل ازدحام مردم و استقبال شديد توده‌هاي انبوه، از طرف ساواك مسجد را براي مدتي تعطيل مي‌كنند. اين نوع فعاليت كه خيلي اثر داشت، مورد توجه همه قرار مي‌گرفت، بخصوص شهيد مطهري و شهيد باهنر در سفري كه به مشهد داشتند، بسيار خوشحال شده بودند و تحت تاثير اين برنامه قرار گرفته بودند. مرحوم «آيت الله طالقاني » صريح مي‌گفت كه آقاي خامنه اي اميد آينده است و مشهد كه مي‌رويد، حتما با ايشان ديدار نماييد. در سال ۵۰، براي پنجمين بار دستگير و زنداني مي‌شوند. برخوردهاي خشونت آميز ساواك در زندان، نشان مي‌دهد كه دستگاه از پيوستن جريانهاي مبارزه مسلحانه به كانونهاي تفكر اسلامي، بشدت بيمناك شده است و بين اين مبارزات و فعاليتهاي فكري و تبليغاتي آيت الله خامنه اي در مشهد و تهران ارتباطي قايل است.