شهید سید مجتبی هاشمی پایه گذاری اولین نیروهای مردمی در خرمشهر فداییان اسلام، نام گروهی مردمی است که پس از شروع جنگ تحمیلی عراق بر ضد ایران تشکیل شد و در عملیات‌های متعددی از جمله «توکل» و «ثامن‌الائمه» حضور داشت. فداییان اسلام به فرماندهی سیدمجتبی هاشمی، در خرمشهر و آبادان از مهر ۱۳۵۹ تا آبان ۱۳۶۰ حضور داشتند.او بلافاصله پس از آغاز جنگ تحمیلی، عازم جبهه شد و اولین نیروی نظامی نامنظم برای مقابله با دشمن در خرمشهر و بعد در آبادان را با نام فداییان اسلام و با حکم آیت‌الله خلخالی تأسیس کرد. این گروه، از جمعیت فداییان اسلام که توسط سیدمجتبی نواب صفوی به راه افتاده بود، متمایز است. سیدمجتبی هاشمی بلافاصله پس از بمباران فرودگاه مهرآباد در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹، با صد نفر از یارانش به اهواز رفت. حجت‌الاسلام ابوالحسن نوری، از مدافعان خرمشهر، به دیدارش با سیدمجتبی در اهواز اشاره کرده و گفته است: «او از نوری خواسته تا آن‌ها را با خود به خرمشهر ببرد، چراکه اتاق جنگ آن‌ها را اعزام نمی‌کرد و نوری هم قبول می‌کند.» فداییان اسلام با ورود به خرمشهر، اداره قسمتی از گمرک و پلیس‌راه خرمشهر را بر عهده گرفتند. در تجدید سازمان نیروهای اصلی مدافع شهر در ۱۰ مهر ۱۳۵۹، مسئولیت محور صد دستگاه هم بر عهده تکاوران نیروی دریایی گذاشته شد تا با کمک فداییان اسلام به دفاع از این محور بپردازند. با سقوط خرمشهر در ۴ آبان ۱۳۵۹، فداییان اسلام به آبادان رفتند و پس از استقرار در هتل کاروانسرا، در عملیات‌ها و شبیخون‌های بسیاری شرکت کردند. همزمان برخی از فداییان در منطقه غرب کشور هم حضور داشتند. عملیات چریکی فداییان اسلام در مناطق ریجاب و دالاهو در ۲۸ بهمن ۱۳۵۹ از جمله اقدامات این گروه در منطقه غرب است. با پیشروی ارتش عراق به سمت بهمن شیر با هدف تسلط بر قسمت شرقی رودخانه کارون و تصرف کامل آبادان و اطلاع نیروها از این موضوع، سپاه و گروه فداییان اسلام در ۱۸ آبان ۱۳۵۹ با نیروهای عراقی درگیر شده و آن‌ها را تا چهار کیلومتری رودخانه بهمن شیر عقب راندند. شبیخون زدن یکی از اصول رزمی فداییان اسلام بود، چراکه سیدمجتبی هاشمی اعتقاد داشت با حمله‌های مکرر، نباید به دشمن فرصت تجدید قوا داد. البته برخی از شبیخون‌های گروه فداییان مثل عملیات دوقلوها در ۱۶ آذر ۱۳۵۹ بدون هماهنگی با فرماندهان انجام می‌شد و زمینه اختلاف بین فداییان با فرماندهان را فراهم می‌کرد. فداییان در عملیات آفندی توکل که در ۲۰ دی ۱۳۵۹ انجام شد نیز حضور داشتند. این عملیات موفقیت‌آمیز نبود و سیدمجتبی هاشمی از ناحیه دست مجروح شد. به‌رغم آرامش نسبی جبهه خوزستان در بهمن و اسفند ۱۳۵۹، در تاریخ‌های ۱۵، ۱۸ و ۲۲ اسفند از درگیری‌های موفقیت‌آمیز فداییان با نیروهای عراقی در بهمن شیر، جبهه ذوالفقاریه و آبادان صحبت شده است. در همین ایام تصمیم فرماندهان بر آن شد تا لشکر ۷۷ پیاده مشهد فرماندهی منطقه جنوب را برعهده گیرد. این دستورالعمل در ۲۸ اسفند ۱۳۵۹ ابلاغ و گروه فداییان اسلام تحت کنترل این لشکر قرار گرفت. بر اساس گزارش لشکر، تعداد نیروهای فداییان در کوی ذوالفقاری، آبادان و کوت‌شیخ خرمشهر، در ۱۶ فروردین ۱۳۶۰، ۵۶۰ نفر بوده است. اولین عملیات آفندی محدود این لشکر در ۲۵ اردیبهشت ۱۳۶۰ در شمال بهمن شیر و میدان تیر آبادان انجام شد که گروه فداییان اسلام نیز در آن حضور داشتند. عملیات دارخوین در ۲۱ خرداد ۱۳۶۰ انجام شد که در پی موفقیت آن، فداییان اسلام که از جمله نیروهای شرکت‌کننده در این عملیات در منطقه فیاضیه و ذوالفقاریه بودند، کار نیروهای عراق را تمام‌شده تلقی کردند و بدون هماهنگی با لشکر، دست به شبیخونی وسیع زدند و موجب تلفات نیروهای خودی شدند. آخرین عملیات مهمی که فداییان اسلام با نام و عنوان رسمی در آن حضور داشتند، عملیات «ثامن‌الائمه» است که در ۵ مهر ۱۳۶۰ با هدف شکست حصر آبادان انجام شد. در پی موفقیت این عملیات، امام خمینی در پیامی از همه نیروهای شرکت‌کننده در این عملیات، از جمله فداییان اسلام تشکر کردند. از این زمان به بعد و به دلیل گسترش اختلاف بین گروه فداییان اسلام با ارتش و سپاه مستقر در جبهه جنوب، به دلیل عملکرد ناهماهنگ فداییان با آن‌ها در فعالیت‌هایشان، دادگاه انقلاب اسلامی آبادان با صدور حکمی در ۲۷ آبان ۱۳۶۰ گروه فداییان را مجبور به ترک آبادان کرد و ادامه فعالیتشان را غیر قانونی اعلام کرد و پرونده فعالیت آن‌ها به طور کامل بسته شد. در پی صدور این حکم، مجتبی هاشمی به تهران بازگشت و پس از اینکه دو بار به صورت داوطلب به جبهه رفت، در اردیبهشت ۱۳۶۴ در تهران به دست منافقین به شهادت رسید. فرزند شهید سید مجتبی هاشمی آورده است