پس از کوچ کردن امام خمینی از ترکیه به عراق و اقامت در نجف آیت‌الله مدنی از جمله کسانی بود که به موجب عشق و ارادت افزون به امام در سخت‌ترین روزها در کنار ایشان بود. معروف است که هر موقع حضرت امام به علتی نمی‌توانستند برای اقامه نماز جماعت حاضر شوند، آیت‌الله مدنی به جای امام به اقامه نماز جماعت می‌پرداخت. آیت‌الله مدنی چه در نجف و چه در روزهایی که برای امر تبلیغ به ایران سفر می‌کرد از امام نیز سخن می‌گفت و رسالت و وظایف مؤمنین را در مقابل رژیم پهلوی برایشان گوشزد می‌کرد.
و این بود که 

آیت‌الله مدنی پیش از نهضت سال ۱۳۴۲ در ایران با فرقه‌های گمراه در ستیز بود.
بذر بهائیت در کشورهای اسلامی به وسیله استعمار انگلیس پاشیده شد و نهال آن در دامن کج‌اندیشان به اصطلاح روشنفکر پرورش یافته بود. در اندک مدتی توسط دست‌های پنهان در ممالک اسلامی به ویژه شیعه‌نشین ترویج یافته با ورود فرهنگ بیگانه و بازگشت روشنفکران غربزده از پرورشگاه خود، این کیش ضد مذهب به اوج خود رسید.
رضا خان و عاملان دیگر غرب در ایران برای کوبیدن اسلام خصوصاً مکتب تشیع به ترویج‌کنندگان مرام بهائی‌گری میدان داده بودند و این تفکر ضد دینی در سراسر ایران به ویژه در آذربایجان بدون موانع در حال گسترش بود. (جزئیات ماجرای برخورد ایشان با بهائیان زادگاه خود در کتاب شهید مدنی جلوه اخلاص (از مجموعه دیدار با ابرار) به تفصیل آمده است.) آیت‌الله مدنی در چنین روزگاری بود که از حوزه علمیه به زادگاهش بازگشت و مدتی در آن‌جا ماندگار گردید و از آن روز دوران مبارزات وی نیز شکل گرفت. (یادواره شهید محراب آیت‌الله مدنی، خاطرات آقای بروجردی داماد ایشان.) وی در کنار سید مجتبی نواب صفوی در مقابل افکار پوچ کسروی‌ها نیز مقاومت کرد.