مرحوم استاد در سال ١٣٣۵ ه‍.ش برای بهره‌مندی از محضر بزرگان عرصه علم و اجتهاد و فلسفه و عرفان به #قم #هجرت کردند. ایشان در قم رسایل و مکاسب و کفایه را به نیکی آموختند و آنگاه از درس خارج اصول فقیه اصولى و عارف فیلسوف و عالم مجاهد، حضرت امام خمینى ره بهره‌ها بردند. ایشان هم‌زمان از درس خارج فقه حضرت آیت الله العظمى محقق داماد ره و دیگر اساتید بزرگ حوزه علمیه قم کسب علم کردند و به #مقام_اجتهاد رسیدند. سرانجام مرحوم استاد شجاعی ره با بهره‌مندی از محضر نورانی علامه طباطبایى ره در فلسفه سینوی و صدرایی صاحب‌نظر و از شاگردان ممتاز و مخصوص معظم‌له شدند و با کسب فیض از دروس خصوصی حضرت علامه ره و خلوت آکنده از اسرار ایشان، در سیر و سلوک و عرفان نظری و عملی به جایگاه رفیعی دست پیدا کردند و در شمار نزدیکان مورد اعتماد حضرت علامه ره قرار گرفتند. حضرت استاد آیت الله شجاعی ره در زمرهٔ پارسایانی بودند که نه تنها #فقر_شدید دوران جوانی، مُخِّل علم‌آموزی و تهذیب نفس‌شان نگردید؛ بلکه ارادهٔ او را در طی طریق تقوا و دانش صد چندان نمود. ایشان سه سال تمام در نهایت فقر - که گاه توان خرید یک قرص نان را نداشتند- و با مشقات فراوان، لحظه‌ای از آموختن نیاسودند.