آیت الله غفاری طی سالهای 53-1350 به مبارزات خود شکل تازه ای داد و کمتر در میان آشنایان ظاهر می شد، در تیر ماه 1353، در تهران دستگیر شد و این آخرین دوران زندان این مبارز نستوه بود. وی سرانجام در زندان براثر شكنجه و فشارهای وارده در تاریخ ششم دی‌ماه 1353 به شهادت رسید. اداره ساواك دو روز پس از آن، در شانزدهم دی‌ماه خبر فوت ایشان را به خانواده وی اعلام و از آنان درخواست كرد كه بی‌سروصدا و بی‌آنكه به كسی چیزی بگویند برای تحویل جنازه به دادستانی ارتش مراجعه كنند. اما خانواده غفاری از امضای برگه فوت خودداری نمود و لذا اداره امنیت مجبور شد به منظور تدفین مخفیانه، جنازه او را شبانه به قم بفرستد. به این ترتیب طلاب و مردم قم از موضوع باخبر شده و به‌طرز باشكوهی در تشییع جنازه او در صبح روز هفتم دی‌ماه شركت كردند. در مسیر تشییع جنازه به سمت حرم حضرت معصومه‌(ع)، تعدادی از مراجع تقلید نیز به مردم پیوستند. حاضران در این مراسم شعارهایی نیز علیه حكومت سردادند كه به دستگیری تعدادی از طلاب منجر شد. چند روز بعد، آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی مراسم ختم باشكوهی را برای مرحوم آیت‌الله شیخ‌حسین غفاری در مسجد اعظم قم برگزار كرد. 13/8/57بخشی از سخنان امام به مناسب شهادت ایشان زجر ما این است که ما را حبس کردند یا زندان بردند یا زجر این است که پای بعضی از علماء را اره کردند (اشاره به آیت الله غفاری) آقا! توی روغن سوزاندند زجر ما این است که 10 سال ، 15 سال، علمای ما در حبس هستند. مهم‌ترين آثاري كه تاكنون درباره شهيد آيت‌الله حسين غفاري منتشر شده است عبارتند از: مسافر ملكوت، نوشته ابوالفضل چيت ساز معرفی کتاب: این اثر به شرح زندگی آیت الله حسین غفاری می پردازد كه عمری را در مبارزه بر ضد رژیم ستمشاهی پهلوی گذراند و سرانجام در اثر مبارزه با استعمار آمریكا و استبداد پهلوی ، در زندان رژیم پهلوی به درجه ی رفیع شهادت نایل آمد.

محبوبیت شهید غفاری نزد زندانیان در یکی از روزهای سرد زمستان مسؤولان زندان برای آزار و اذیت زندانیان پتوهای آنها را بردند و به هر کدام یک پتو دادند که هم زیرانداز بود و هم روانداز. هیچ کس نمی توانست از شدت سرما در آنجا بخوابد. ساعت ده شب شهید غفاری به پشت درِ زندان رفت و در را محکم زد. چپی ها و مجاهدین هم ایستاده بودند و هیچ کس جرأت اعتراض نداشت تا اینکه مسؤولان زندان حاضر شدند. شهید غفاری به آنها گفت: این آقایان سردشان است پتوهای آقایان را بدهید. مسؤول زندان برای آنکه نفاق ایجاد کند گفت: آقای شیخ! شما دیگر چرا از این منافقین و کمونیست ها دفاع می کنید. شهید غفاری در جواب گفت: هر چه هستند کمونیست ها با مسلمانها فرق نمی کنند یا این آقایان را ببرید بکشید یا اگر قرار است زنده بمانند پتوهایشان را بدهید، هوا سرد است... اگر شما فکر آنها را قبول ندارید من هم قبول ندارم ولی انسان باید از شرایط انسانی برخوردار باشد پتوهایشان را بدهید. مسؤول زندان باز گفت: آقای شیخ بگو پتوی من را بدهید تا پتوی تو یک نفر را بدهیم. شهید غفاری گفت: ما اگر می خواستیم « من» باشیم اینجا نمی آمدیم اینجا که آمدیم برای آن است که « ما» بودیم من سردم نیست بدنم سالم و قوی است آقایان سردشان است اگر پتوها را ندهید همگی اعتراض می کنند و جنجال به راه خواهیم انداخت سپس ما همه شروع می کنیم به نماز خواندن آقایانی هم که خود را مارکسیست نشان می دهند نماز خواهند خواند. حالا پتوها را می دهید یا زندان را به هم بریزیم و درها را بشکنیم. مسؤول زندان گفت: آقای شیخ اگر جنجال راه بیندازی کتک مفصل خواهی خورد. کم کم صدای زندانیان در آمد و به تدریج صداها اوج گرفت و حیاط زندان شلوغ شد در نتیجه آنها مجبور شدند پتوها را برگردانند. پتوها که به داخل زندان آورده شد، صدای صلوات که سمبل بچه های مسلمان بود، بلند شد بعد از این واقع تعدادی از مارکسیست ها به او مراجعه کردند تا نماز بخوانند و شهید غفاری نماز را به آنها آموزش داد. آن شهید مجاهد در مباحثه با یکی از سران و رهبران مجاهدین به او گفت: « تو که سواد نداری و درس نخوانده ای تا رهبری فکری آنها را داشته باشی» او قبول کرده و مطالعات ابتدایی اسلام را شروع نمود. در اثر این مباحثه آن شخص دیگر در زندان به عنوان رهبر فکری شناخته نمی شد و بسیاری از چپی ها مسلمان شدند و تعدادی از مجاهدین از عقایدشان دست برداشتند از آن پس اذان گفتن نیز شروع شد و به دنبال آن نماز جماعت برپا گردید که شهید غفاری امام جماعت آن بود. آخرین ملاقات و وصایا آخرین ملاقات خانواده شهید با او در زندان قصر انجام شد. در روزهای آخر زندان شهید غفاری در اثر شکنجه قادر نبود با پای خودش برای ملاقات حاضر شود دو نفر مأمور زیر بغل او را گرفته، در حالی که روی زمین می کشیدند برای ملاقات آوردند. سر و صورت او نیز به شدت مضروب شده بود. وقتی سرش را بلند کرد تا خانواده اش را ببیند اولین کمله ای که گفت این بود: « این آخرین ملاقات من با شماست، من دیگر بعید می دانم بیش از این بتوانم مقاومت کنم. خانواده او گریستند و او نیز گریه کرد. خانواده اش به او گفتند گریه نکن ناراحت می شویم. او گفت نمی خواهم گریه کنم ولی بدنم خیلی درد می کند، بدنم را خرد کرده اند.» سپس به همسرش گفت: کتک خوردن ارثیه ای بود که ما از امام موسی بن جعفر (ع)به ارث بردیم. این ارثیه را حفظ کنید. شما حتما هوای فرزندانت را داشته باش. و به فرزندش خطاب کرد: پسرم روحانیت را ول نکنی، من راضی نخواهم بود اگر شغل دیگری را انتخاب کنی، همین درس را که شروع کردی و به اینجا رساندی، همین را ادامه می دهی و مبادا از این راه برگردی و مواظب مادر باش. خیر دنیا و آخرت تو در آمدن به کسوت روحانیت است. بیا به عنوان حامی دین و دفاع از امام صادق (ع)این راه را انتخاب کن... برو خدا را شکر کن که مردم وقتی ما را می بینند یاد « اللهم صل علی محمد و آل محمد» می افتند و این کلمات را می گویند و یاد فساد و فحشاء و دزدی نمی افتند. درست است که به مسخره می گویند اما وقتی چهره ما را می بینند صلوات برای آنها تداعی می شود و این خودش خیلی مهم است... به جای تعقیبات نماز اگر بنشینی و کتاب جبر و مثلثات را باز کنی و بخوانی، من به تو قول می دهم که خداوند به عنوان تعقیب نماز صبح از تو قبول خواهد کرد. شهادت آیت الله حسین غفاری ایشان بارها توسط ماموران رژیم ظالم سیتم شاهی دستگیر شدند، از جمله 15 خرداد 1342، هنگامیکه از سخنرانی برگشته بود، ماموران به خانه اش حمله کرده و او را دستگیر و زندانی و در زندان شهربانی مورد بازجویی و شکنجه قرار دادند. پس از آزادی، همچنان به مبارزه خود ادامه داد و بار دیگر توسط ساواک دستگیر شد.