کتابخانه‌های دیگری نیز در عصر حسین بایقرا وجود داشته که وابسته به دیگر مقامات و صاحب‌منصبان تیموری بوده است. از جمله این اشخاص باید از وزیر نامدار حسین بایقرا، امیرعلی شیر نوایی نام برد که در سراسر خراسان کتابخانه‌های متعددی را بنا نهاد. احمد میرزا، نواده میرانشاه بن تیمور، کتابخانه‌ای در شهر هرات ساخت و کتاب‌های نفیسی بر آنوقف کرد. ریاست کتابخانه اول بر عهده نصیرالدین خطاط بود که فرمان کتابداری وی در بدایع‌الوقایع واصفی هروی (قرن ۱۰ ق.) آمده است.