تندگویان در 13 آبان 1352 در پالایشگاه تهران دستگیر شد و حدود هفت ماه در زندان انفرادی بود. سپس دادگاه او را با احتساب مدت بازداشت به یک سال زندان محکوم کرد. در آبان 1353 آزاد شد و به عنوان سرباز صفر به شیراز اعزام گردید و پس از اتمام این دوره در شرکت بوتان گاز مشغول به کار شد اما در 6 تیر 1354، با اِعمال فشار ساواک و به بهانة نقص پرونده، مجبور به استعفا گردید. سپس به منظور دورماندن از نظارت ساواک، پیشنهاد کار در شرکت پارس توشیبا (پارس خزر فعلی) را در رشت پذیرفت و از 1354 تا 1356 مدیر تولید آن شرکت بود. او در 1356 ش، در رشته مدیریت صنعتی در مدرسه عالی مدیریت وابسته به دانشگاه هاروارد پذیرفته شد و در 1357 ش موفق به دریافت مدرک کارشناسی ارشد مدیریت بازرگانی گردید و به شرکت پارس توشیبا بازگشت.[۵] پس از پیروزی انقلاب اسلامی در 22 بهمن 1357 مدیر شرکت پارس توشیبا شد و تا آذر 1358 این سمت را به عهده داشت. سپس معین فر، وزیر نفت وقت جمهوری اسلامی ایران وی را به کار دعوت کرد و او نماینده قائم مقامِ وزیر نفت در آبادان و عضو اصلی کمیسیون پاکسازی در اداره نفت آبادان گردید. در تیر 1359 سرپرستی مناطق نفت خیز به وی واگذار گردید و او تا مهر 1359 در این سمت بود.[۶] در نتیجه عملکرد موفقیت آمیز او در دورة سرپرستی مناطق نفت خیز در اول مهر 1359 برای تصدی وزارت نفت به مجلس شورای اسلامی معرفی شد و رأی اعتماد نمایندگان مجلس شورای اسلامی را برای تصدی این مقام بدست آورد.[۷] او در مدت کوتاهی، کارکنان وزارت نفت را برای حفاظت از تأسیسات نفتی خوزستان سازماندهی کرد. در طول چهل روز وزارت به منظور نظارت مستقیم بر این عملیات سه بار به آبادان رفت اما در چهارمین سفرش به آبادان، در 9 آبان 1359 نیروهای عراقی ــ که صبح آن روز جادة فرعی ماهشهر ـ آبادان را در اختیار گرفته بودند ــ وی را به همراه دو معاونش و دو تن از محافظانش به اسارت گرفتند.[۸] دولت ایران با استناد به قوانین و مقررات بین المللی از مجامع جهانی، به ویژه صلیب سرخ، برای آزادی وی استمداد کرد اما عراق تندگویان را اسیر جنگی دانست.[۹] با نزدیک شدن زمان برگزاری اجلاس وزیران نفت اوپک در بالی اندونزی در 24 آذر 1359/15 دسامبر 1980، دولت ایران درخواست کرد که موضوع حملة عراق به ایران و اسیر شدن وزیر نفت در دستور کار اجلاس قرار گیرد[۱۰] اما با تلاش عراق و چند کشور حامی آن، این موضوع از دستور کار اجلاس حذف شد و به هیئت ایرانی فقط اجازه داده شد در این خصوص بیانیه ای صادر کند.[۱۱] تا یک سال بعد از اسارت او و تا زمانی که دولت محمدعلی رجایی بر سر کار بود، تمامی نامه های وزارت نفت به نام محمدجواد تندگویان صادر می شد. در دوران اسارت، تنها دو نامه از وی به خانواده اش رسید که آخرین نامه مورخ 24 فروردین 1361 است.[۱۲] پس از گذشت حدود یازده سال با آزاد شدن تدریجی اسرای ایرانی در 1369 ش، اخباری حاکی از زنده بودن تندگویان انتشار یافت؛ ولی دولت عراق اعلام کرد که وزیر نفت سابق ایران در 1361 ش/1982 در سلولش خودکشی کرده است. در پی انتشار این خبر، در 14 آذر 1370 هیئتی از ایران برای روشن شدن واقعیت امر به عراق سفر کرد. نظر هیئت ایرانی این بود که تندگویان زنده است اما عراقی ها از همان ابتدا با ارائة مدارکی شامل عکس و گواهی فوت و گزارش پزشکی قانونی، این نظر را رد کردند.[۱۳] پس از قطعی شدن شهادت تندگویان، عراق از استرداد پیکر او امتناع نمود که سرانجام با پیگیری و پافشاری ایران جنازة مومیایی شده اش پس از گذشت یازده سال از زمان اسارت تحویل گرفته شد و به ایران انتقال یافت و در 29 آذر 1370 در قطعة 72 تنِ (شهدای 7 تیر 1360) بهشت زهرا به خاک سپرده شد.[۱۴] هیئت ایرانی بر مبنای مشاهدات و معاینات کالبد شکافی، تاریخ شهادت وی را در فاصله سالهای 1367ـ1368 ش دانسته اند.(جوانبخت، ص84) بر روی سنگ قبر او تاریخ شهادت ذکر نشده است. پانویس: ۱.  کامور بخشایش، ص7، 13؛ جباری، ص5؛ دولت عشق، ص45ـ46. ۲. نفت و ایثار، ص14ـ15؛ جوانبخت، ص15ـ16، 21ـ23؛ دولت عشق، ص46ـ47. ۳. ایران، مجلس شورای اسلامی، ص9. ۴.  پرونده بازجویی محمدجواد تندگویان در ساواک تهران موجود در مرکز اسناد انقلاب اسلامی، اسناد ش 183، 184، 781؛ جوانبخت، ص27ـ29.۵. ۵.  زنده عشق، ص193ـ194؛ کامور بخشایش، ص55، 61؛ ایران، مجلس شورای اسلامی، همانجا. ۶.  ایران، مجلس شورای اسلامی، همانجا؛ کامور بخشایش، ص61ـ62. ۷. ایران، مجلس شورای اسلامی، ص20؛ کامور بخشایش، ص63. ۸. بوشهری، ص5؛ یحیوی، ص56؛ کامور بخشایش، ص71ـ72. ۹. روزشمار جنگ ایران و عراق، کتاب پنجم، ص157؛ ترزیان، ص386ـ387. ۱۰.  رجوع کنید به «اوپک و جنگ» در مجموعة اسناد بنیاد حفظ آثار و ارزشهای دفاع مقدس، پرونده مجامع بین المللی، کد6. ۱۱. خبرگزاری پارس، گزارشهای ویژه، ش372، مورخ 25 آذر 1359؛ جباری، ص35. ۱۲. آقائی سریرزه، ص20؛ جوانبخت، ص95ـ96